यह कमांड idfetch है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
idfetch - एनसीबीआई आईडी1 सर्वर से जैविक डेटा पुनर्प्राप्त करें
SYNOPSIS
idfetch [-] [-F str] [-G फ़ाइल का नाम] [-Q फ़ाइल का नाम] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l फ़ाइल का नाम] [-n] [-o फ़ाइल का नाम] [-q str] [-s str] [-t N]
वर्णन
idfetch एनसीबीआई के आईडी1 सर्वर के लिए एक क्लाइंट है, जिसमें एनोटेट का एक बड़ा डेटाबेस शामिल है
जैविक अनुक्रम.
विकल्प
विकल्पों का सारांश नीचे दिया गया है।
- प्रिंट उपयोग संदेश
-F str निर्दिष्ट सुविधा प्रकार जोड़ें (अल्पविराम-सीमांकित); अनुमत मान सीडीडी, एसएनपी हैं,
एसएनपी_ग्राफ, एमजीसी, एचपीआरडी, एसटीएस, टीआरएनए और माइक्रोआरएनए।
-G फ़ाइल का नाम
डंप करने के लिए जीआई, (संस्करणित) एक्सेसेशन, FASTA SeqID की सूची वाली फ़ाइल
-Q फ़ाइल का नाम
एंट्रेज़ क्वेरी द्वारा जीआई सूची तैयार करें फ़ाइल का नाम; आवश्यक है -डीएन or -डॉ.
-c N अधिकतम जटिलता:
0 संपूर्ण ब्लॉब प्राप्त करें (डिफ़ॉल्ट)
1 ब्याज का बायोसेक प्राप्त करें
2 न्यूनतम बायोसेक-सेट प्राप्त करें जिसमें रुचि का बायोसेक शामिल हो
3 ब्याज की बायोसेक युक्त न्यूनतम न्यूक-प्रोट प्राप्त करें
4 ब्याज की बायोसेक युक्त न्यूनतम पब-सेट प्राप्त करें
-d str उपयोग करने के लिए डेटाबेस (के साथ) -q, या तो किया जा सकता है n न्यूक्लियोटाइड के लिए या p प्रोटीन के लिए)।
-e N डंप करने के लिए इकाई संख्या (पुनर्प्राप्ति संख्या)।
-f str चपटा SeqId. संभावित प्रारूप:
टाइप([नाम] [, [परिग्रहण] [, [और ] [,संस्करण]]]) '5(HUMHBB)' के रूप में
टाइप=परिग्रहण
टाइप:संख्या
(टाइप ASN.1 Seq-id उपप्रकार को दर्शाने वाली एक संख्या है।)
-g N डंप करने के लिए एकल इकाई के लिए जीआई आईडी
-i N लुकअप का प्रकार:
0 Seq-एंट्री प्राप्त करें (डिफ़ॉल्ट)
1 जीआई स्थिति प्राप्त करें (stderr को आउटपुट)
2 SeqIds प्राप्त करें
3 जीआई इतिहास प्राप्त करें (केवल अनुक्रम परिवर्तन)
4 पुनरीक्षण इतिहास प्राप्त करें (ASN.1 में कोई भी परिवर्तन)
-l फ़ाइल का नाम
लॉग फ़ाइल
-n केवल जीआई की सूची आउटपुट करें (साथ)। -q और -Q).
-o फ़ाइल का नाम
आउटपुट के लिए फ़ाइल नाम (डिफ़ॉल्ट = stdout)
-q str एंट्रेज़ क्वेरी द्वारा जीआई सूची तैयार करें। आवश्यक है -डीएन or -डॉ.
-s str FASTA शैली SeqId उद्धरणों में संलग्न है। प्रारूप:
एलसीएल|int or str
बीबीएस|int
बीबीएम|int
जीबी|एसीसी|loc
एम्ब|एसीसी|loc
पीर|एसीसी|नाम
एसपी|एसीसी|नाम
पॅट|देश|पेटेंट|seq
गी|int
डीबीजे|एसीसी|loc
पीआरएफ|एसीसी|नाम
पीडीबी|प्रविष्टि|श्रृंखला
-t N उत्पादन का प्रकार:
1 पाठ ASN.1 (डिफ़ॉल्ट)
2 बाइनरी ASN.1
3 जेनबैंक (केवल सेक-एंट्री)
4 जेनपेप्ट (केवल सेक-एंट्री)
5 FASTA (इतिहास के लिए तालिका)
6 गुणवत्ता स्कोर (केवल सेक-एंट्री)
7 एंट्रेज़ डॉकसम्स
8 फास्टा रिवर्स पूरक
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