Ini adalah perintah abacas yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
abacas - Kontigasi Otomatis Berbasis Algoritma dari Urutan yang Dirakit
RINGKASAN
abaca -r ref -q qs -p prog [PILIHAN]
OR
abaca -r ref -q psf -e
ref urutan referensi dalam satu file fasta
qs contigs dalam format multi-fasta
rog Program MUMmer untuk digunakan: 'nucmer' atau 'promer'
psf pseudomolekul/urutan file dalam format fasta
PILIHAN
-h penggunaan cetak
-d gunakan parameter nucmer/promer default
-s int panjang minimum kata yang sama persis (nukmer default = 12, promer default
= 4)
-m cetak contig yang dipesan ke file dalam format multifasta
-b print contigs di bin ke file
-N cetak pseudomolekul tanpa "N"s
-i int identitas persen minimum [default 40]
-v int cakupan minimum contig [default 40]
-V int perbedaan cakupan contig minimum [default 1]
-l int panjang contig minimum [default 1]
-t jalankan tblastx pada contig yang tidak dipetakan
-g string (nama file) mencetak daerah yang tidak tertutup (celah) pada referensi ke nama file
-a tambahkan contigs di bin ke pseudomolekul
-o file keluaran awalan akan memiliki awalan ini
-P pilih set primer untuk menutup celah
-f int jumlah alas mengapit di kedua sisi celah untuk desain primer (default
350)
-R int Jalankan mummer [default 1, gunakan -R 0 untuk menghindari menjalankan mummer]
-e Melarikan diri dari pemesanan contig yaitu pergi ke desain primer
-c Urutan referensi melingkar
DESKRIPSI
ABACAS dimaksudkan untuk menghubungkan (menyelaraskan, mengatur, mengarahkan), memvisualisasikan, dan mendesain dengan cepat
primer untuk menutup celah pada contig rakitan senapan berdasarkan urutan referensi.
ABACAS menggunakan MUMmer untuk menemukan posisi penyelarasan dan mengidentifikasi syntenies dari contig yang dirakit
terhadap referensi. Outputnya kemudian diproses untuk menghasilkan pengambilan pseudomolekul
tumpang tindih contigs dan kesenjangan dalam akun. ABACAS menghasilkan file perbandingan yang dapat
digunakan untuk memvisualisasikan contig yang dipesan dan berorientasi di ACT. Synteny dilambangkan dengan warna merah
bar di mana intensitas warna berkurang dengan nilai persen identitas yang lebih rendah antara
blok yang sebanding. Informasi tentang contigs seperti orientasi, persen identitas,
cakupan dan tumpang tindih dengan contigs lain juga dapat divisualisasikan dengan memuat keluaran
file fitur di ACT.
Gunakan abacas online menggunakan layanan onworks.net