Ini adalah perintah ABYSS yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
ABYSS - merakit bacaan pendek menjadi contigs
RINGKASAN
ABYSS [PILIHAN] ... FILE...
DESKRIPSI
Kumpulkan semua file input, FILE, yang mungkin dalam FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM atau
format BAM dan dapat dikompresi dengan gz, bz2 atau xz dan dapat di-tar.
Pengguna yang ingin menjalankan perakitan penuh dengan ABySS disarankan untuk menggunakan abyss-pe sebagai
titik masuk daripada program ABYSS. abyss-pe adalah Makefile yang mengoordinasikan banyak
dari alat ABySS (termasuk ABYSS) untuk menjalankan pipa perakitan ABySS penuh.
abyss-pe mampu melakukan banyak hal yang tidak dimiliki ABYSS, seperti memanfaatkan
informasi jarak yang disediakan oleh pembacaan akhir berpasangan dan pembacaan pasangan pasangan.
--kesucian
buang bacaan yang tidak suci [default]
--tanpa kesucian
jangan buang bacaan yang tidak suci
--trim-topeng
potong basis bertopeng dari ujung bacaan [default]
--tanpa-trim-topeng
jangan potong alas bertopeng dari ujung bacaan
-q, --trim-kualitas=THRESHOLD
potong pangkalan dari ujung bacaan yang kualitasnya kurang dari ambang batas
-Q, --mask-kualitas=THRESHOLD
menutupi semua basis dalam bacaan yang kualitasnya kurang dari ambang batas
--kualitas standar
kualitas nol adalah `!' (33)
default untuk file FASTQ dan SAM
--kualitas ilumina
kualitas nol adalah `@' (64)
default untuk qseq dan mengekspor file
-o, --keluar=FILE
tulis contigs ke FILE
-k, --kmer=KMER_SIZE
ukuran k-mer
-t, --trim-panjang=TRIM_PANJANG
panjang maksimum tepi yang menjuntai untuk dipangkas
-c, --cakupan=CAKUPAN
hapus contigs dengan cakupan k-mer rata-rata kurang dari ambang batas ini
-b, --gelembung=N
gelembung pop lebih pendek dari N bp (default: 3*k).
-b0, --tidak ada gelembung
jangan meletuskan gelembung
-e, --mengikis=CAKUPAN
mengikis dasar di ujung contig tumpul dengan cakupan kurang dari ambang batas ini
-E, --erosi-untai=CAKUPAN
mengikis dasar di ujung contig tumpul dengan cakupan kurang dari ambang batas ini
salah satu untai
--cakupan-sejarah=FILE
rekam histogram cakupan k-mer di FILE
-g, --grafik=FILE
menghasilkan grafik dalam format titik
-s, --snp=FILE
rekam gelembung yang muncul di FILE
-v, --bertele-tele
menampilkan keluaran verbose
--membantu tampilkan bantuan ini dan keluar
--Versi: kapan
menampilkan informasi versi dan keluar
Gunakan ABYSS online menggunakan layanan onworks.net