dialign-tx - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

dialign-tx - Penyelarasan beberapa urutan berbasis segmen

RINGKASAN

dialign-tx [PILIHAN] {conf-direktori} {file cepat} [file cepat habis]

DESKRIPSI

DIALIGN-TX adalah algoritma yang ditingkatkan untuk penyelarasan beberapa protein berbasis segmen.
DIALIGN-TX adalah implementasi ulang lengkap dari pendekatan basis segmen termasuk beberapa
perbaikan baru dan heuristik yang secara signifikan meningkatkan kualitas output
keberpihakan dibandingkan dengan DIALIGN 2.2. Keunggulan yang signifikan ini telah diamati pada
lokal maupun pada tolok ukur keselarasan global.

PILIHAN

-d
Mode Debug [DEFAULT 0]

0 tidak ada pernyataan debug

1 men-debug fase pemrosesan saat ini

2 debugging yang sangat banyak bicara

5 debug hardcore

-s
Jumlah maksimum urutan input [DEFAULT 5000].

-a
Jumlah maksimum karakter per baris dalam file FASTA [DEFAULT 100].

-c
Jumlah maksimum karakter per baris saat mencetak urutan [DEFAULT 80].

-l
mode sensitivitas, semakin tinggi level, semakin kecil kemungkinan fragmen acak palsu
disejajarkan dalam keberpihakan lokal [DEFAULT 0]

0 dimatikan

1 level-1, sensitivitas berkurang

2 level-2, sensitivitas sangat berkurang

-m
Nama file matriks skor (dalam direktori konfigurasi) [DEFAULT PROTEIN: BLOSUM.scr]
/ [DNA DEFAULT: dna_matrix.scr].

-w
Menentukan berat minimum ketika rumus berat diubah menjadi 1-pow(1-prob, faktor)
[DEFAULT 0.000000065].

-p
Nama file distribusi probabilitas (dalam direktori konfigurasi) [DEFAULT PROTEIN:
BLOSUM.diag_prob_t10] / [DNA DEFAULT: dna_diag_prob_100_exp_550000].

-v
Tambahkan ke setiap skor (untuk mencegah nilai negatif) [DEFAULT 0].

-t

Ambang batas "Genap" untuk skor rendah untuk penyelarasan urutan [DEFAULT PROTEIN: 4] / [DEFAULT
DNA: 0].

-n
Jumlah maksimum posisi berurutan untuk jendela yang berisi posisi skor rendah
[PROTEIN DEFAULT: 4] / [DNA DEFAULT: 1].

-g
Panjang fragmen minimum global untuk kriteria berhenti [PROTEIN DEFAULT: 40] / [DEFAULT
DNA: 1].

-m
Skor rata-rata minimal yang diizinkan di jendela frag yang berisi posisi skor rendah [DEFAULT
PROTEIN: 4.0] / [DNA DEFAULT: 0.9].

-o
Apakah bobot tumpang tindih dihitung atau tidak [DEFAULT 0].

-f
Panjang fragmen minimum [DEFAULT 1].

-r
Berat ambang batas untuk mempertimbangkan fragmen sama sekali [DEFAULT 0.0].

-u
[BAWAAN 0]

1: Hanya gunakan strip sqrt(amount_of_seqs) dari urutan tetangga untuk
menghitung keberpihakan berpasangan (meningkatkan kinerja).

0: Semua keberpihakan berpasangan akan dihitung.

-A
File jangkar opsional. [tidak ada DEFAULT]

-D
Masukan adalah urutan DNA.

-T
Menerjemahkan DNA menjadi asam amino dari awal hingga akhir (panjang akan dipotong menjadi mod 3 = 0).

peringatan
Jangan gunakan -D dengan opsi ini (Nilai default untuk input PROTEIN akan dimuat).

-L
Bandingkan hanya Open Reading Frame terpanjang.

peringatan
Jangan gunakan -D dengan opsi ini (Nilai default untuk input PROTEIN akan dimuat).

-O
Menerjemahkan DNA ke asam amino, kerangka baca untuk setiap urutan yang dihitung karena
ORF terpanjang.

peringatan
Jangan gunakan -D dengan opsi ini (Nilai default untuk input PROTEIN akan dimuat).

-P
Output dalam asam amino, tidak ada retranslasi urutan DNA [DEFAULT: input = output].

-F
Mode cepat (menyiratkan -l0, karena sudah mengurangi sensitivitas secara signifikan).

-C
Hasilkan tabel probabilitas yang disimpan di /usr/share/dialign-tx/prob_table dan keluar.

-H, -h
Cetak pesan ini.

Gunakan dialign-tx online menggunakan layanan onworks.net