hmm2emit - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

hmm2emit - menghasilkan urutan dari profil HMM

RINGKASAN

hmm2memancarkan [pilihan] hmm file

DESKRIPSI

hmm2memancarkan membaca file HMM dari hmm file mengandung satu atau lebih HMM, dan menghasilkan a
jumlah urutan dari setiap HMM; atau, jika -c opsi dipilih, hasilkan satu
konsensus aturan mayoritas. Ini dapat berguna untuk berbagai aplikasi yang membutuhkan a
simulasi urutan konsisten dengan konsensus keluarga urutan.

Secara default, hmm2memancarkan menghasilkan 10 urutan dan mengeluarkannya dalam format FASTA (tidak selaras).

PILIHAN

-a Tulis urutan yang dihasilkan dalam format selaras (SELEX) daripada FASTA.

-c Memprediksi urutan konsensus aturan mayoritas tunggal alih-alih urutan pengambilan sampel
dari distribusi probabilitas HMM. Residu yang sangat terkonservasi (p >= 0.9 untuk
DNA, p >= 0.5 untuk protein) ditampilkan dalam huruf besar; lainnya ditampilkan dalam huruf kecil.
Beberapa negara bagian penyisipan dapat menjadi bagian dari konsensus aturan mayoritas, karena mereka adalah
digunakan di >= 50% dari urutan yang dihasilkan; ketika ini terjadi, masukkan residu yang dihasilkan
hanya ditampilkan sebagai "x".

-h Cetak bantuan singkat; termasuk nomor versi dan ringkasan semua opsi, termasuk
pilihan ahli.

-n Menghasilkan urutan. Standarnya adalah 10.

-o Simpan urutan sintetis ke file daripada menulisnya ke stdout.

-q Diam; menekan semua output kecuali untuk urutan itu sendiri. Berguna untuk perpipaan
atau mengarahkan output.

EXPERT PILIHAN

--benih
Setel benih acak ke , dimana adalah bilangan bulat positif. Standarnya adalah menggunakan
waktu() untuk menghasilkan seed yang berbeda untuk setiap run, yang berarti bahwa dua yang berbeda
kehabisan hmm2memancarkan pada HMM yang sama akan memberikan hasil yang sedikit berbeda. Anda dapat gunakan
opsi ini untuk menghasilkan hasil yang dapat direproduksi.

Gunakan hmm2emit online menggunakan layanan onworks.net