Ini adalah perintah idfetch yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
idfetch - mengambil data biologis dari server NCBI ID1
RINGKASAN
pengambilan id [-] [-F str] [-G nama file] [-Q nama file] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l nama file] [-n] [-o nama file] [-q str] [-s str] [-t N]
DESKRIPSI
pengambilan id adalah klien untuk server ID1 NCBI, yang berisi database besar beranotasi
urutan biologis.
PILIHAN
Ringkasan opsi disertakan di bawah ini.
- Cetak pesan penggunaan
-F str Tambahkan jenis fitur yang ditentukan (dibatasi koma); nilai yang diizinkan adalah CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA, dan microRNA.
-G nama file
File dengan daftar GI, aksesi (berversi), FASTA SeqID untuk dibuang
-Q nama file
Hasilkan daftar GI dengan kueri Entrez di nama file; memerlukan -dn or -dp.
-c N Kompleksitas maksimum:
0 dapatkan seluruh gumpalan (default)
1 dapatkan bioseq yang menarik
2 dapatkan set bioseq minimal yang berisi bioseq yang diinginkan
3 dapatkan nuc-prot minimal yang mengandung bioseq yang menarik
4 dapatkan set pub minimal yang berisi bioseq yang menarik
-d str Basis data yang akan digunakan (dengan -q, bisa juga n untuk nukleotida atau p untuk protein).
-e N Nomor entitas (nomor pengambilan) untuk dibuang
-f str SeqId rata. Format yang memungkinkan:
mengetik([nama] [, [pencapaian] [, [melepaskan] [,versi]]]) sebagai '5(HUMHBB)'
mengetik=pencapaian
mengetik:jumlah
(mengetik adalah angka yang menunjukkan subtipe Seq-id ASN.1.)
-g N ID GI untuk Entitas tunggal yang akan dibuang
-i N Jenis pencarian:
0 dapatkan entri Seq (default)
1 dapatkan status GI (output ke stderr)
2 dapatkan SeqId
3 dapatkan riwayat GI (hanya perubahan urutan)
4 dapatkan riwayat revisi (perubahan apa pun pada ASN.1)
-l nama file
File log
-n Keluarkan hanya daftar GI (dengan -q dan -Q).
-o nama file
Nama file untuk keluaran (default = stdout)
-q str Hasilkan daftar gi dengan kueri Entrez. Memerlukan -dn or -dp.
-s str SeqId gaya FASTA TERLAMPIR DALAM KUTIPAN. Format:
lcl|int or str
bb|int
BBM|int
gb|acc|loc
sematkan|acc|loc
pir|acc|nama
sp|acc|nama
tepuk|negara|paten|seq
gi|int
dbj|acc|loc
prf|acc|nama
pdb|masuk|rantai
-t N Jenis output:
1 teks ASN.1 (default)
2 biner ASN.1
3 GenBank (hanya untuk entri Seq)
4 GenPept (hanya entri Seq)
5 FASTA (tabel untuk sejarah)
6 skor kualitas (hanya entri-urutan)
7 Entrez DocSum
8 pelengkap terbalik FASTA
Gunakan idfetch online menggunakan layanan onworks.net