Ini adalah insegt perintah yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
insegt - Memotong data pengurutan Generasi Kedua dengan anotasi
RINGKASAN
sisipkan [OPTIONS]
DESKRIPSI
INSEGT adalah alat untuk menganalisis keberpihakan pembacaan RNA-Seq (ujung tunggal atau ujung berpasangan)
dengan menggunakan anotasi gen.
Input ke INSEGT adalah file SAM yang berisi perataan dan file yang berisi
anotasi genom referensi, baik dalam format GFF atau GTF.
-h, --membantu
Menampilkan pesan bantuan ini.
--Versi: kapan
Menampilkan informasi versi
Pilihan: :
-ro, --baca-keluaran FILE
Nama file keluaran untuk keluaran baca, yang berisi anotasi yang dipetakan diikuti oleh
anotasi orang tua mereka. Jenis file yang valid adalah: gff.
-ke, --keluaran-anno FILE
Nama file keluaran untuk anno-output, yang berisi anotasi yang mirip dengan GFF
masukan dan tambahan jumlah bacaan yang dipetakan dan ekspresi yang dinormalisasi
tingkatan dalam RPKM. Jenis file yang valid adalah: gff.
untuk, --tupel-keluaran FILE
Nama file keluaran untuk keluaran tupel, yang berisi tupel ekson yang dihubungkan dengan pembacaan atau
pasangan. Jenis file yang valid adalah: gff.
-FO, --fusi-keluaran STR
Nama file keluaran untuk fusi-output, yang berisi tupel ekson fusi gen
(Opsi lanjutan, saat ini tidak ada port output untuk KNIME). Salah satunya gff.
-n, --tupel INT
ntupel Default: 2.
-o, --interval offset INT
Offset ke interval penyelarasan pendek untuk pencarian. Standar: 5.
-t, --ambang-celah INT
Ambang batas untuk celah yang diizinkan dalam keselarasan (bukan intron). Standar: 5.
-c, --ambang-hitungan INT
Ambang batas untuk min. jumlah tupel untuk output. Standar: 1.
-r, --ambang-rpkm DUA KALI LIPAT
Ambang batas untuk min. RPKM dari tuple untuk output. Standar: 0.0.
-m, --max-tupel
Buat hanya maxTuple (yang direntang oleh seluruh pembacaan).
-e, --tepat-ntuple
Buat hanya Tuple dengan panjang yang tepat n. Secara default semua Tuple hingga panjang yang diberikan
dihitung (jika -m sudah diatur, -e akan diabaikan).
-u, --orientasi tidak diketahui
Orientasi bacaan tidak diketahui.
CONTOH
memasukkan
contoh/alignments.sam contoh/annotations.gff
Jalankan INSEGT pada file contoh dengan parameter default.
memasukkan -m contoh/alignments.sam contoh/annotations.gff
Jalankan INSEGT pada file contoh dan hanya hitung maxTuple.
memasukkan -c 2 contoh/alignments.sam contoh/annotations.gff
Jalankan INSEGT pada file contoh dan hanya keluaran Tuple dengan min. hitungan 2.
VERSION
versi insegt: 1.0 Pembaruan terakhir 2012-09-11
Gunakan insegt online menggunakan layanan onworks.net