kalign - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

kalign - melakukan beberapa penyelarasan urutan biologis.

RINGKASAN

kalign [infile.fasta] [outfile.fasta] [Pilihan]

kalign [-Saya infile.fasta] [-O outfile.fasta] [Pilihan]

kalign [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [Pilihan]

DESKRIPSI

Kalin adalah alat baris perintah untuk melakukan beberapa penyelarasan urutan biologis. Dia
menggunakan algoritma pencocokan string Muth?Manber, untuk meningkatkan akurasi dan kecepatan
dari keselarasan. Ini menggunakan pendekatan keselarasan global dan progresif, diperkaya dengan menggunakan
perkiraan algoritma pencocokan string untuk menghitung jarak urutan dan dengan memasukkan
kecocokan lokal ke dalam keselarasan global.

PILIHAN

-s -gpo -ga terbuka -gap_buka x
Penalti celah terbuka.

-e -gpe -celah_ext -ekstensi celah x
Hukuman perpanjangan celah.

-t -tgpe -terminal_gap_ekstensi_penalti x
Hukuman celah terminal.

-m -bonus -matriks_bonus x
Sebuah konstanta ditambahkan ke matriks substitusi.

-c -menyortir <masukan, pohon, celah.>
Urutan di mana urutan muncul dalam perataan output.

-g -Fitur
Memilih mode fitur dan menentukan fitur mana yang akan digunakan: misalnya semua, maxplp,
STRUKTUR, PFAM-A?

-skor_fitur_sama
Skor untuk menyelaraskan fitur yang sama.

-diff_feature_score
Hukuman untuk menyelaraskan fitur yang berbeda.

-d -jarak <wu, pasangan>
Metode jarak

-b -pohon -panduan-pohon <nj, upgma>
Metode pohon panduan.

-z -zcutoff
Parameter yang digunakan dalam perhitungan jarak berdasarkan wu-manber.

-i -di -memasukkan
Nama file masukan.

-o -di luar -keluaran
Nama file keluaran.

-a -gap_inc
Meningkatkan penalti celah tergantung pada jumlah celah yang ada.

-f -format <cepat, msf, al, klu, macsim>
Format keluaran.

-q -diam
Cetak apa pun ke STDERR. Tidak membaca apa pun dari STDIN.

REFERENSI

· Timo Lassmann dan Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - kelipatan yang akurat dan cepat
algoritma perataan urutan. Bioinformatika BMC 6:298

· Timo Lassmann, Oliver Frings dan Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
penyelarasan berganda kinerja tinggi dari urutan protein dan nukleotida memungkinkan
fitur eksternal. Penelitian Asam Nukleat 3:858?865.

PENULIS

Timo Lasman <timolassmann@gmail.com>
Penulis hulu Kalin.

Charles malang <plessy@debian.org>
Menulis halaman manual.

HAK CIPTA

Hak Cipta © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann

Kalin adalah perangkat lunak gratis. Anda dapat mendistribusikan ulang dan/atau memodifikasinya di bawah ketentuan
Lisensi Publik Umum GNU sebagaimana diterbitkan oleh Free Software Foundation.

Halaman manual ini ditulis oleh Charles Plessyplessy@debian.org> untuk Debian(TM)
sistem (tetapi dapat digunakan oleh orang lain). Izin diberikan untuk menyalin, mendistribusikan dan/atau
memodifikasi dokumen ini dengan persyaratan yang sama seperti kalign itu sendiri.

Pada sistem Debian, teks lengkap dari GNU General Public License versi 2 dapat berupa
ditemukan di /usr/share/lisensi umum/GPL-2.

Gunakan kalign online menggunakan layanan onworks.net