locuspocus - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

locuspocus - hitung koordinat lokus untuk anotasi gen yang diberikan

RINGKASAN

lokuspokus [Pilihan] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

DESKRIPSI

Opsi dasar:

-d|--debug
cetak pesan debug terperinci ke terminal (kesalahan standar)

-h|--bantuan
cetak pesan bantuan ini dan keluar

-v|--versi
cetak nomor versi dan keluar

penguraian iLocus:

-l|--delta: INT
saat mem-parsing lokus interval, gunakan delta berikut untuk memperluas lokus gen dan sertakan
daerah regulasi potensial; standarnya adalah 500

-s|--lewati
saat menghitung lokus interval, singkirkan yang tidak diberi notasi (dan mungkin tidak lengkap)
iLoci di kedua ujung urutan

-e|--saja
laporkan hanya fragmen iLocus yang tidak lengkap di ujung urutan yang tidak diberi notasi
(pelengkap dari --melewati)

-y|--skipiilocci
jangan laporkan iLoci intergenik

Opsi penyempurnaan:

-r|--haluskan
secara default gen dikelompokkan dalam iLocus yang sama jika mereka memiliki tumpang tindih; 'menyaring'
mode memungkinkan penanganan gen yang tumpang tindih yang lebih bernuansa

-c|--cd
gunakan CDS daripada UTR untuk menentukan tumpang tindih gen; menyiratkan mode 'haluskan'

-m|--minoverlap: INT
jumlah minimum nukleotida dua gen harus tumpang tindih untuk dikelompokkan dalam yang sama
iLokus; defaultnya adalah 1

Pilihan keluaran:

-n|--namafmt: STR
berikan string format gaya printf untuk mengganti format ID default untuk yang baru
lokus yang dibuat; defaultnya adalah 'locus%lu' (locus1, locus2, dll) untuk lokus dan 'iLocus%lu'
(iLocus1, iLocus2, dll) untuk lokus interval; perhatikan format string harus menyertakan a
penentu %lu tunggal untuk diisi dengan nilai integer panjang yang tidak ditandatangani

-i|--ilens: FILE
buat file dengan panjang masing-masing iLocus intergenik

-g|--peta gen: FILE
cetak pemetaan dari setiap anotasi gen ke lokus yang sesuai dengan yang diberikan
fillet

-o|--file keluar: FILE
nama file yang hasilnya akan ditulis; defaultnya adalah terminal (standar
keluaran)

-T|--retainid
mempertahankan ID fitur asli dari file input; konflik akan muncul jika input
berisi nilai ID yang digandakan

-t|--transmap: FILE
cetak pemetaan dari setiap anotasi transkrip ke lokus yang sesuai ke
file yang diberikan

-V|--bertele-tele
sertakan semua subfitur lokus (gen, RNA, dll) dalam output GFF3; bawaan
hanya mencakup fitur lokus

Opsi masukan:

-f|--filter: JENIS
daftar jenis fitur yang dipisahkan koma untuk digunakan dalam membangun loci/iLoci; defaultnya adalah
'gen'

-p|--induk: CT:PT
jika fitur tipe $CT ada tanpa induk, buat induk untuk fitur ini
dengan tipe $PT; misalnya, mRNA:gen akan membuat fitur gen sebagai induk untuk
fitur mRNA tingkat atas apa pun; opsi ini dapat ditentukan beberapa kali

-u|--semu
perbaiki pseudogen yang diberi label secara keliru

Gunakan locuspocus online menggunakan layanan onworks.net