Ini adalah perintah mirabait yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
mirabait - pilih bacaan dari koleksi bacaan
RINGKASAN
mirabait [-f ] [-t [-T ...]] [-iklor] file baitfile
DESKRIPSI
mirabait memilih bacaan dari koleksi bacaan yang sebagian mirip atau sama dengan
urutan didefinisikan sebagai umpan target. Kesamaan didefinisikan dengan menemukan yang dapat disesuaikan pengguna
jumlah k-mer umum (urutan k basa berurutan) yang sama dalam umpan
urutan dan urutan yang disaring untuk dipilih, baik maju atau mundur
melengkapi arah.
PILIHAN
-f
muat jenis file proyek ini, di mana fromtype adalah:
urutan caf dari CAF
urutan maf dari MAF
urutan phd dari PHD
urutan gbf dari GBF
urutan fasta dari FASTA
urutan fastq dari FASTQ
-t
tulis urutan ke jenis ini (banyak menyebutkan -t diijinkan):
urutan fasta ke FASTA
urutan fastq ke FASTQ
urutan caf ke CAF
urutan maf ke MAF
nama urutan txt ke file teks
-k k-mer, panjang umpan di pangkalan (<32, default=31)
-n min. jumlah umpan k-mer yang dibutuhkan (default=1)
-i Pukulan terbalik: hanya menulis urutan yang tidak mengenai umpan
-r Tidak ada pemeriksaan arah komplemen terbalik
-o Offset kualitas fastq (hanya untuk -f = 'fastq') Offset nilai kualitas di FASTQ
mengajukan. Default: 33 Nilai 0 mencoba untuk mengenali secara otomatis.
-f
muat jenis file proyek ini, di mana fromtype adalah:
urutan caf dari CAF
urutan maf dari MAF
urutan phd dari PHD
urutan gbf dari GBF
urutan fasta dari FASTA
urutan fastq dari FASTQ
-t
tulis urutan ke jenis ini (banyak menyebutkan -t diijinkan):
urutan fasta ke FASTA
urutan fastq ke FASTQ
urutan caf ke CAF
urutan maf ke MAF
nama urutan txt ke file teks
-k k-mer, panjang umpan di pangkalan (<32, default=31)
-n min. jumlah umpan k-mer yang dibutuhkan (default=1)
-i Pukulan terbalik: hanya menulis urutan yang tidak mengenai umpan
-r Tidak ada pemeriksaan arah komplemen terbalik
-o Offset kualitas fastq (hanya untuk -f = 'fastq') Offset nilai kualitas di FASTQ
mengajukan. Default: 33 Nilai 0 mencoba untuk mengenali secara otomatis.
Gunakan mirabait online menggunakan layanan onworks.net