phytime - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

phytime - estimasi Bayesian waktu divergensi dari keberpihakan urutan besar

DESKRIPSI

Estimasi Bayesian waktu divergensi dari urutan molekul bergantung pada
Teknik rantai Markov Monte Carlo, dan sampler Metropolis-Hastings (MH) telah
berhasil digunakan dalam konteks itu. Pendekatan ini melibatkan beban komputasi yang berat yang
dapat menghambat analisis kumpulan data filogenomik yang besar. Estimasi divergensi yang andal
waktu juga bisa sangat memakan waktu, jika bukan tidak mungkin, untuk penyelarasan urutan
yang menyampaikan sinyal filogenetik yang lemah atau bertentangan, yang menekankan perlunya lebih banyak
metode pengambilan sampel yang efisien. Artikel ini menjelaskan pendekatan baru yang memperkirakan
kepadatan posterior tingkat substitusi dan waktu simpul. Distribusi tarif sebelumnya
menjelaskan potensi autokorelasi mereka di sepanjang garis keturunan, sedangkan prior pada usia simpul
dimodelkan dengan kepadatan seragam. Juga, fungsi kemungkinan didekati dengan
kepadatan normal multivariat. Kombinasi komponen-komponen ini mengarah pada kenyamanan
penyederhanaan matematis, memungkinkan distribusi posterior dari tarif dan waktu menjadi
diestimasi menggunakan algoritma sampling Gibbs. Analisis empat set data dunia nyata
menunjukkan bahwa sampler ini mengungguli pendekatan MH standar dan menunjukkan
kesesuaian metode baru ini untuk menganalisis kumpulan data yang besar dan/atau sulit.

RINGKASAN

waktu yang tepat [args perintah]

PILIHAN

Semua opsi di bawah ini opsional kecuali '-i','-u' dan '--calibration'.

Opsi perintah:

-i (atau --memasukkan) seq_file_name

seq_file_name adalah nama file urutan nukleotida atau asam amino di PHYLIP
Format.

-d (Atau --tipe data) tipe data

tipe_data adalah 'nt' untuk nukleotida (default), 'aa' untuk urutan asam amino, atau
'generik', (gunakan format file NEXUS dan parameter 'simbol' di sini).

-q (Atau --sekuensial)

Mengubah format interleaved (default) ke format berurutan.

-m (Atau --model) model

model : nama model substitusi. - Model berbasis nukleotida : HKY85 (default) |
JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | custom (*) (*) : untuk opsi custom, a
string enam digit mengidentifikasi model. Misalnya, 000000

sesuai dengan F81 (atau JC69 asalkan distribusi frekuensi nukleotida adalah
seragam). 012345 sesuai dengan GTR. Opsi ini dapat digunakan untuk menyandikan apa pun
model yang bersarang di dalam GTR.

- Model berbasis asam amino : LG (default) | WAG | JTT | MtREV | hari libur | DCMut |
RtREV | CpREV | VT

Blosum62 | MtMam | MTArt | HIVw |
HIVb | kebiasaan

--aa_rate_file nama file

nama file adalah nama file yang memberikan tingkat substitusi asam amino
matriks dalam format PAML. Wajib menggunakan opsi ini saat menganalisis amino
urutan asam dengan model `custom'.

--kalibrasi nama file

nama file adalah nama file kalibrasi yang memberikan definisi apriori
batas untuk usia simpul. Silakan baca manual untuk informasi lebih lanjut tentang
format file ini.

-t (Atau --ts/tv) ts/tv_rasio

ts/tv_ratio : rasio transisi/transversi. urutan DNA saja. Bisa diperbaiki
nilai positif (misalnya: 4.0) atau e untuk mendapatkan estimasi kemungkinan maksimum.

-v (Atau --pinv) prop_invar

prop_invar : proporsi situs yang tidak berubah. Dapat berupa nilai tetap dalam [0,1]
range atau e untuk mendapatkan estimasi kemungkinan maksimum.

-c (Atau --nkelas) nb_subst_cat

nb_subst_cat : jumlah kategori tingkat substitusi relatif. Bawaan :
nb_subst_cat=4. Harus bilangan bulat positif.

-a (Atau --alfa) gama

gamma : distribusi parameter bentuk distribusi gamma. Bisa diperbaiki
nilai positif atau e untuk mendapatkan estimasi kemungkinan maksimum.

-u (Atau --pohon masukan) file_pohon_pengguna

user_tree_file : memulai nama file pohon. Pohon harus dalam format Newick.

--r_seed num

num adalah benih yang digunakan untuk memulai generator nomor acak. Harus berupa bilangan bulat.

--jalankan_id ID_string

Tambahkan string ID_string di akhir setiap file output PhyML. Opsi ini mungkin
berguna saat menjalankan simulasi yang melibatkan PhyML.

--diam

Tidak ada pertanyaan interaktif (untuk berjalan dalam mode batch) dan output yang tenang.

--no_memory_check

Tidak ada pertanyaan interaktif untuk penggunaan memori (untuk berjalan dalam mode batch). Keluaran biasa
jika tidak.

--rantai_len num

num adalah jumlah generasi atau run dari Markov Chain Monte Carlo. Mulai
1E+6 secara default. Harus berupa bilangan bulat.

--sampel_freq num

Rantai diambil sampelnya setiap num generasi. Atur ke 1E+3 secara default. Harus menjadi
bilangan bulat.

--tidak ada data

Gunakan opsi ini untuk mengambil sampel dari prior saja (bukan dari sendi posterior
kepadatan parameter model).

--cepat

Gunakan pendekatan normal multivariat untuk kemungkinan dan percepat
perhitungan

Gunakan phytime online menggunakan layanan onworks.net