Ini adalah perintah tigr-glimmer3 yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
tigr-glimmer — Temukan/Nilai gen potensial dalam file genom menggunakan model probabilitas di
file icm
RINGKASAN
harimau-glimmer3 [file genom] [file icm] [[pilihan]]
DESKRIPSI
harimau-glimmer adalah sistem untuk menemukan gen dalam DNA mikroba, terutama genom
bakteri dan archaea. harimau-glimmer (Pencari Gen dan Pemodel Markov Interpolasi) menggunakan
model Markov yang diinterpolasi (IMM) untuk mengidentifikasi daerah pengkodean dan membedakannya dari
DNA nonkode. Pendekatan IMM, dijelaskan dalam makalah Penelitian Asam Nukleat kami tentang tig-
cahaya redup 1.0 dan dalam makalah kami selanjutnya tentang harimau-glimmer 2.0, menggunakan kombinasi Markov
model dari urutan ke-1 hingga ke-8, menimbang setiap model sesuai dengan daya prediksinya.
harimau-glimmer 1.0 dan 2.0 menggunakan model Markov nonhomogen 3-periodik dalam IMM mereka.
harimau-glimmer adalah pencari gen mikroba utama di TIGR, dan telah digunakan untuk membubuhi keterangan
genom lengkap B. burgdorferi (Fraser et al., Nature, Desember 1997), T. pallidum
(Fraser et al., Science, Juli 1998), T. maritima, D. radiodurans, M. tuberculosis, dan
proyek non-TIGR termasuk C. trachomatis, C. pneumoniae, dan lain-lain. Analisisnya
beberapa genom ini dan lainnya tersedia di situs database mikroba TIGR.
Versi khusus dari harimau-glimmer dirancang untuk eukariota kecil, GlimmerM, digunakan untuk
temukan gen dalam kromosom 2 parasit malaria, P. falciparum.. GlimmerM adalah
dijelaskan dalam SL Salzberg, M. Pertea, AL Delcher, MJ Gardner, dan H. Tettelin,
"Model Markov yang diinterpolasi untuk penemuan gen eukariotik," Genomics 59 (1999), 24-31.
Klik disini (http://www.tigr.org/software/glimmerm/) untuk mengunjungi situs GlimmerM, yang
termasuk informasi tentang cara mengunduh sistem GlimmerM.
The harimau-glimmer sistem terdiri dari dua program utama. Yang pertama adalah pelatihan
program, build-imm. Program ini mengambil satu set input dari urutan dan membangun dan output
IMM untuk mereka. Urutan ini dapat berupa gen lengkap atau hanya sebagian orf. Untuk yang baru
genom, data pelatihan ini dapat terdiri dari gen-gen dengan basis data yang kuat serta
kerangka bacaan terbuka yang sangat panjang yang secara statistik hampir pasti merupakan gen. NS
program kedua adalah secercah, yang menggunakan IMM ini untuk mengidentifikasi gen yang diduga secara keseluruhan
genom. harimau-glimmer secara otomatis menyelesaikan konflik antara sebagian besar gen yang tumpang tindih dengan
memilih salah satunya. Ini juga mengidentifikasi gen yang diduga benar-benar tumpang tindih, dan
menandai ini untuk diperiksa lebih dekat oleh pengguna. Kandidat gen ``tersangka' ini telah
persentase yang sangat kecil dari total untuk semua genom yang dianalisis sejauh ini. harimau-glimmer
adalah program yang...
PILIHAN
-C n Gunakan n sebagai persentase GC dari model independen
Catatan: n harus berupa persentase, misalnya -C 45.2
-f Gunakan energi pengikat ribosom untuk memilih kodon awal
+f Gunakan kodon pertama di orf sebagai kodon awal
-g n Setel panjang gen minimum ke n
-i nama file
penggunaan nama file untuk memilih daerah of basis bahwa adalah lepas batas, so bahwa tidak basis
dalam bahwa daerah akan be diperiksa
-l Asumsikan genom linier daripada genom sirkular, yaitu, tidak ada sampul
-L nama file
Gunakan nama file untuk menentukan daftar orf yang harus diberi skor secara terpisah, tanpa
aturan tumpang tindih
-M Input adalah file multifasta dari gen terpisah yang akan dinilai secara terpisah, tanpa
aturan tumpang tindih
-o n Setel panjang tumpang tindih minimum ke n. Tumpang tindih yang lebih pendek dari ini diabaikan.
-p n Tetapkan persentase tumpang tindih minimum ke n%. Tumpang tindih lebih pendek dari persentase ini
*keduanya* string diabaikan.
-q n Atur panjang maksimum orf yang dapat ditolak karena independen
kolom skor probabilitas ke (n - 1)
-r Jangan gunakan kolom skor probabilitas independen
+r Gunakan kolom skor probabilitas independen
-r Jangan gunakan kolom skor probabilitas independen
-s s Gunakan string s sebagai pola pengikatan ribosom untuk menemukan kodon awal.
+S Gunakan model intergenik independen yang lebih ketat yang tidak memberikan probabilitas untuk
kodon stop dalam bingkai. (Opsi sudah usang karena sekarang ini satu-satunya perilaku
-t n Tetapkan skor ambang batas untuk pemanggilan sebagai gen ke n. Jika skor dalam bingkai >= n, maka
wilayah tersebut diberi nomor dan dianggap sebagai gen potensial.
-w n Gunakan skor "lemah" pada gen tentatif n atau lebih lama. Skor lemah mengabaikan
skor probabilitas independen.
Gunakan tigr-glimmer3 online menggunakan layanan onworks.net
