Ini adalah aplikasi Linux bernama rRNAFinder yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai rRNAFinder-v1.1.1.zip. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan online aplikasi ini bernama rRNAFinder dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
rRNAFinder
DESKRIPSI:
rRNAFinder adalah paket perangkat lunak perl kecil, yang dapat digunakan untuk memprediksi dan mengklasifikasikan gen RNA ribosom secara otomatis menggunakan kumpulan genom/metagenom yang dirakit sebagai input. Perangkat lunak ini hanya diuji pada sistem operasi Linux.
Program "rRNAFinder.pl" yang disertakan dalam paket menggunakan pencarian program nhmmer terhadap database arc.hmm, bac.hmm, dan euk.hmm untuk mengidentifikasi gen rRNA dari contigs input. Gen rRNA berpredikat meliputi gen 16S, 18S, 23S, 28S, 5S, dan rRNA 5.8S.
Program "rna2taxon.pl" menerima urutan gen rRNA format fasta yang dihasilkan di atas sebagai input untuk menghasilkan penetapan taksonomi untuk gen input. Urutan gen rRNA input dicari terhadap database SILVA SSU dan LSU yang diunduh dan diformat ulang menggunakan blastn.
Silakan merujuk ke file README.md dari repositori rRNAFinder GitHub yang terletak di https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder untuk petunjuk tentang cara mengonfigurasi dan menjalankan rRNAFinder
Fitur
- Memprediksi gen rRNA (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s rRNA gen)
- Penetapan taksonomi gen rRNA yang diprediksi menggunakan pencarian blastn terhadap database SILVA SSU dan LSU
- Cepat dan dapat menggunakan beberapa utas CPU
Para penonton
Sains/Penelitian
User interface
Garis komando
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.