Questo è il comando ABYSS che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
ABYSS - assembla brevi letture in contigs
SINOSSI
ABYSS [OPZIONE] ... RISORSE...
DESCRIZIONE
Assemblare tutti i file di input, FILE, che possono essere in FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM o
BAM e può essere compresso con gz, bz2 o xz e può essere tarred.
Si consiglia agli utenti che desiderano eseguire un assembly completo con ABySS di utilizzare abyss-pe come loro
punto di ingresso piuttosto che il programma ABYSS. abyss-pe è un Makefile che coordina molti
degli strumenti ABySS (incluso ABYSS) per eseguire l'intera pipeline di assemblaggio ABySS.
abyss-pe è in grado di fare molte cose che ABYSS non è, come sfruttare il
informazioni sulla distanza fornite da letture finali accoppiate e letture accoppiate.
--castità
scarta letture impure [predefinito]
--no-castità
non scartare le letture impure
--trim-mascherato
taglia le basi mascherate dalle estremità delle letture [predefinito]
--no-trim-mascherato
non tagliare le basi mascherate dalle estremità delle letture
-q, --qualità di rifilatura=SOGLIA
tagliare le basi dalle estremità delle letture la cui qualità è inferiore alla soglia
-Q, --qualità-maschera=SOGLIA
maschera tutte le basi nelle letture la cui qualità è inferiore alla soglia
--qualità standard
la qualità zero è `!' (33)
predefinito per i file FASTQ e SAM
--illumina-qualità
la qualità zero è "@" (64)
predefinito per qseq ed esporta file
-o, --fuori=RISORSE
scrivi i contig su FILE
-k, --Kmer=KMER_SIZE
taglia k-mer
-t, --trim-lunghezza=TRIM_LENGTH
lunghezza massima dei bordi penzolanti da rifilare
-c, --copertura=COPERTURA
rimuovere contigs con copertura k-mer media inferiore a questa soglia
-b, --bolle=N
scoppiano bolle più corte di N bp (predefinito: 3*k).
-b0, --no-bolle
non scoppiare le bolle
-e, --erodere=COPERTURA
erodere le basi alle estremità dei contigs smussati con una copertura inferiore a questa soglia
-E, --erodere-filamento=COPERTURA
erodere le basi alle estremità dei contigs smussati con una copertura inferiore a questa soglia su
entrambi i fili
--copertura-hist=RISORSE
registrare l'istogramma di copertura k-mer in FILE
-g, --grafico=RISORSE
generare un grafico in formato punto
-s, --snp=RISORSE
registra le bolle scoppiate in FILE
-v, --verboso
visualizzare un output dettagliato
--Aiuto mostra questo aiuto ed esce
--versione
mostra informazioni sulla versione ed esce
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