Questo è il comando cgview che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
cgview - Visualizzatore genoma circolare
SINOSSI
cgview [Opzioni] ...
DESCRIZIONE
CGView è un pacchetto Java per generare mappe di alta qualità e zoomabili di genomi circolari.
Il suo scopo principale è quello di fungere da componente delle pipeline di annotazione della sequenza, in quanto a
mezzi per generare output visivo adatto al web. Informazioni sulle funzionalità e rendering
le opzioni vengono fornite al programma utilizzando un file XML, un file delimitato da tabulazioni o un NCBI
file ptt. CGView converte l'input in una mappa grafica (PNG, JPG o Scalable Vector
Formato grafico), completo di etichette, titolo, legende e note a piè di pagina. Inoltre
la mappa di visualizzazione completa predefinita, il programma può generare una serie di mappe con collegamenti ipertestuali che mostrano
viste espanse. Le mappe collegate possono essere esplorate utilizzando qualsiasi browser web, consentendo una rapida
navigazione del genoma e facilitazione della condivisione dei dati. Le etichette delle caratteristiche nelle mappe possono essere
collegamento ipertestuale a risorse esterne, consentendo l'integrazione delle mappe CGView con il Web esistente
contenuto del sito o database.
VERSIONI
-A Specifica una dimensione del carattere dell'etichetta.
-c Specifica la base su cui centrare durante lo zoom.
-D Specifica una dimensione del carattere della legenda.
-d Specifica la densità di tick, tra 0 e 1.0. Il valore predefinito è 1.0.
-E Se incorporare o meno testo basato su vettori nell'output SVG.
-e Se escludere o meno l'output SVG dalle serie di immagini.
-f Il formato dell'output: PNG, JPG, SVG o SVGZ.
-h File HTML da creare.
-H L'altezza della mappa.
-i Il file di input da analizzare.
-I Se disegnare o meno etichette all'interno del cerchio della spina dorsale.
-L La larghezza di una legenda esterna.
-o Il file immagine da creare.
-p Il percorso del file immagine nel file HTML creato utilizzando il -h opzione.
-r Se rimuovere o meno le legende.
-R Se rimuovere o meno le etichette.
-s Directory per ricevere una serie di immagini.
-S Se fare o meno riferimento a fogli di stile esterni nell'output HTML.
-u Indica se fare o meno riferimento a overlib.js nell'output HTML.
-U Specifica una dimensione del carattere del righello di sequenza.
-W La larghezza della mappa.
-x Valori di zoom separati da virgole per le serie di immagini.
-z Il fattore in base al quale eseguire lo zoom.
ESEMPI
cgview -f png -i cybercell.xml -o mia_immagine.png -h visualizza_immagine.html
cgview -i cybercell.xml -s directory_per_serie -e vero
Usa cgview online usando i servizi onworks.net
