Questo è il comando edialigne che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
edialign - Allineamento multiplo locale di sequenze
SINOSSI
edialign -sequenze sequenza -Nucmode stratagemma -revcomp booleano [-sovrapponi prodotti]
[-collegamento stratagemma] [-maxfragl numero intero] -fragmatico booleano -fragsim numero intero
[-il suo punteggio booleano] [-soglia galleggiante] -maschera booleano -dostar booleano
-starnum numero intero -file di uscita file di uscita -successivo seguito
edialign -Aiuto
DESCRIZIONE
edialign è un programma a riga di comando di EMBOSS ("the European Molecular Biology Open
Suite Software”). Fa parte dei gruppi di comandi "Allineamento: Multiplo".
VERSIONI
Ingresso pagina
-sequenze sequenza
aggiuntivo pagina
-Nucmode stratagemma
Modalità di allineamento della sequenza degli acidi nucleici (semplice, traslata o mista) Valore predefinito: n
-revcomp booleano
Valore predefinito: N
-sovrapponi prodotti
Per impostazione predefinita, i pesi di sovrapposizione vengono utilizzati quando Nseq =<35 ma è possibile impostarlo su "sì" o
'no' Valore predefinito: default (quando Nseq =< 35)
-collegamento stratagemma
Metodo di clustering per costruire l'albero di sequenza (UPGMA, collegamento minimo o massimo
collegamento) Valore predefinito: UPGMA
-maxfragl numero intero
Valore predefinito: 40
-fragmatico booleano
Valore predefinito: N
-fragsim numero intero
Valore predefinito: 4
-il suo punteggio booleano
Valore predefinito: N
-soglia galleggiante
Valore predefinito: 0.0
Uscita pagina
-maschera booleano
Valore predefinito: N
-dostar booleano
Valore predefinito: N
-starnum numero intero
Valore predefinito: 4
-file di uscita file di uscita
-successivo seguito
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