Questo è il comando fasta_formatter che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
fasta_formatter - cambia la larghezza della linea di sequenze in un file FASTA
DESCRIZIONE
utilizzo: fasta_formatter [-h] [-i INFILE] [-o OUTFILE] [-w N] [-t] [-e] Parte di FASTX
Toolkit 0.0.14 di assafgordon@gmail.com
[-h] = Questa utile schermata di aiuto.
[-i FILE]
= File di input FASTA/Q. l'impostazione predefinita è STDIN.
[-o OUTFILE] = file di output FASTA/Q. l'impostazione predefinita è STDOUT. [-wN] = max.
larghezza della linea di sequenza per il file FASTA di output.
Quando ZERO (l'impostazione predefinita), le linee di sequenza NON verranno avvolte - tutti i nucleotidi di
ogni sequenza apparirà su una singola riga (buona per lo scripting).
[-t] = Formato tabulato di output (invece del formato FASTA).
Gli identificatori di sequenza saranno sulla prima colonna, i nucleotidi appariranno sulla seconda
colonna (come riga singola).
[-e] = Emette sequenze vuote (l'impostazione predefinita è scartarle).
Le sequenze vuote sono quelle che hanno solo un identificatore di sequenza, ma non effettivo
nucleotidi.
Ingresso Esempio:
>MY-ID AAAAAGGGGG CCCCCTTTTT AGCTN
Uscita esempio con illimitato linea larghezza [-w 0]:
>MY-ID AAAAAGGGGGCCCCCTTTTTAGCTN
Uscita esempio con massimo linea width = 7 [-w 7]:
>MY-ID AAAAAGG GGGTTTT TCCCCCA GCTN
Uscita esempio con di tabella produzione [-T]:
IL MIO ID AAAAAGGGGGCCCCCTTTTAGCTN
esempio di sequenza vuota: (verrà scartato a meno che non venga utilizzato [-e])
>REGULAR-SEQUENCE-1 AAAGGGTTTCCC >EMPTY-SEQUENCE >REGULAR-SEQUENCE-2
AAGTAGTAGTAGTAGGTATTTTATAT
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