gmod_load_cvterms.plp - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

load_cvterms.pl - confronta quali termini sono nuovi nel file rispetto al database e
li inserisce

SINOSSI

Utilizzo: perl load_cvterms.pl -H dbhost -D dbname [-vdntuFo] file

parametri

-g Nome del profilo del database GMOD (può fornire host, nome del DB, password, nome utente e
driver) Predefinito: 'predefinito'

-s nome del database per il collegamento (deve essere nella tabella del database, ad esempio GO)

-n nome del vocabolario controllato (ad esempio 'processo_biologico'). facoltativo. Se non specificato,
verranno gestiti i termini di tutti gli spazi dei nomi correlati al nome del database.

-F Formato file. Può essere obo o go_flat e altri supportati da Bio::OntologyIO.
Predefinito: obo

-u aggiorna tutti i termini. Senza -u, i termini nel database non verranno aggiornati
il contenuto del file, in termini di definizioni, ecc. I nuovi termini saranno comunque
aggiunto.

-v output dettagliato

-o outfile per scrivere errori e messaggi dettagliati (facoltativo)

-t modalità di prova. Non eseguire alcuna operazione di archiviazione. (la modalità di prova non può testare
inserimento di dati associati per nuovi termini)

Le seguenti opzioni sono necessarie se non si utilizza il profilo GMOD

-H nome host per il database [obbligatorio se non si utilizza -p]

-D nome del database [obbligatorio se -p non viene utilizzato]

-p password (se devi fornire una password per connetterti al tuo database)

-r nome utente (se è necessario fornire un nome utente per connettersi al database)

-d nome del driver (ad esempio 'Pg' per postgres). Il nome del driver può essere specificato in gmod_config

Lo script analizza l'ontologia nel file e l'ontologia corrispondente nel database,
se presente. Confronta quali termini sono nuovi nel file rispetto al database e
li inserisce e confronta tutte le relazioni nuove e le inserisce. Rimuove
le relazioni che non sono state specificate nel file dal database. Non rimuove mai
una voce di termine dal database.

Questo script funziona con lo schema Chado (vedere gmod.org) e accede alle seguenti tabelle:

db
dbxref
cv
cvterm
cvterm_relazione
cvtermsinonimo
cvterm_dbxref
cvtermprop

I termini presenti nel database ma non nel file vengono impostati su is_obsolete=1. Tutti i
i termini presenti nel database vengono aggiornati (se si utilizza l'opzione -u) per riflettere
definizioni dei termini presenti nel file. Nuovi termini presenti nel file ma non nel
database sono memorizzati. I seguenti dati sono associati a ogni inserimento/aggiornamento di termine:

Nome del termine
Definizione del termine
Relazioni con altri termini
Sinonimi
ID secondari
Definizione dbxrefs
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