gmx-polystat - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-polystat - Calcola le proprietà statiche dei polimeri

SINOSSI

polistato gmx [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.xvg>]] [-p [<.xvg>]] [-i [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-tu ]
[-[Ora] [-xvg ] [-[no]mw] [-[nessun]pc]

DESCRIZIONE

gmx polistato traccia le proprietà statiche dei polimeri in funzione del tempo e stampa il
media.

Per impostazione predefinita, determina la distanza media end-to-end e i raggi di rotazione di
polimeri. Richiede un gruppo indice e lo divide in molecole. L'end-to-end
la distanza viene quindi determinata utilizzando il primo e l'ultimo atomo nel gruppo indice per ciascuno
molecole. Per il raggio di rotazione il totale e le tre componenti principali per
si scrivono i tensori di rotazione medi. Con opzione -v si scrivono gli autovettori.
Con l'opzione -pc anche gli autovalori medi dei singoli tensori di rotazione sono
scritto. Con opzione -i si scrivono le distanze quadrate medie interne.

Con l'opzione -p la durata della persistenza è determinata. Il gruppo indice scelto dovrebbe
sono costituiti da atomi che sono legati consecutivamente nelle catene principali del polimero. La persistenza
la lunghezza è quindi determinata dal coseno degli angoli tra i legami con un indice
differenza che è pari, le coppie dispari non vengono utilizzate, perché spine dorsali polimeriche diritte
sono di solito tutti trans e quindi solo un legame su due si allinea. La lunghezza della persistenza
è definito come numero di obbligazioni in cui il cos medio raggiunge un valore di 1/e. Questo punto è
determinato da un'interpolazione lineare di log( ).

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File di input per eseguire xdr portatile

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice

Opzioni per specificare i file di output:

-o [<.xvg>] (polystat.xvg)
file xvgr/xmgr

-v [<.xvg>] (polivec.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-p [<.xvg>] (persistente.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-i [<.xvg>] (intdist.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)

-tu (Ps)
Unità per i valori temporali: fs, ps, ns, us, ms, s

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps e PDB file

-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none

-[no]mw (sì)
Usa la ponderazione di massa per i raggi di rotazione

-[nessun]pc (In)
Traccia gli autovalori medi

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