Questo è il comando gmx-saltbr che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, l'emulatore online di Windows o l'emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-saltbr - Calcola i ponti salini
SINOSSI
gmx saltbr [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-t ] [-[no]sett]
DESCRIZIONE
gmx sale traccia la distanza tra tutte le combinazioni di gruppi carichi in funzione di
tempo. I gruppi vengono combinati in modi diversi. Può essere data una distanza minima (ad esempio una
cut-off), in modo che i gruppi che non sono mai più vicini di quella distanza non vengano tracciati.
L'output sarà in un numero di nomi di file fissi, min-min.xvg, più-min.xvg e
più-più.xvg, o file per ogni singola coppia di ioni se il -settembre l'opzione è selezionata. In
in questo caso, i file sono denominati come sb-(Resname)(Resnr)-(Atomnr). Ci potrebbe essere molti tali file.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File di input per eseguire xdr portatile
Altre opzioni:
-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)
-t (1000)
I gruppi che non sono mai più vicini di questa distanza non vengono tracciati
-[no]sett (In)
Utilizzare file separati per ogni interazione (possono essere MOLTE)
Utilizzare gmx-saltbr online utilizzando i servizi onworks.net