Questo è il comando gmx-sans che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-sans - Calcola spettri di scattering di neutroni a piccolo angolo
SINOSSI
gmx senza [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-d [<.dat>]] [-pr [<.xvg>]] [-q [<.xvg>]]
[-prframe [<.xvg>]] [-quadro quadrato [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-tu ] [-xvg ]
[-bidone ] [-modalità ] [-mcopertura ]
[-metodo ] [-[no]pc] [-griglia ] [-startq ]
[-endq ] [-qstep ] [semi ]
DESCRIZIONE
gmx sans calcola gli spettri SANS utilizzando la formula di Debye. Attualmente utilizza il file di topologia
(poiché è necessario assegnare un elemento per ogni atomo).
parametri:
-pr Calcola la funzione g(r) normalizzata mediata sulla traiettoria
-prframe Calcola la funzione g(r) normalizzata per ogni frame
-q Calcola la curva di intensità SANS mediata sulla traiettoria
-quadro quadrato Calcola la curva di intensità SANS per ogni fotogramma
-startq Valore q iniziale in nm
-endq Valore finale q in nm
-qstep Facendo un passo in q spazio
Nota: quando si utilizza il metodo diretto Debye, il costo computazionale aumenta di 1/2 * N * (N - 1)
dove N è il numero di atomi nel gruppo di interesse.
ATTENZIONE: se sq o pr specificato questo strumento può produrre un gran numero di file! Fino a due
volte maggiore del numero di frame!
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File di input per eseguire xdr portatile
-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice
-d [<.dat>] (nsfactor.dat) (Facoltativo)
File di dati generici
Opzioni per specificare i file di output:
-pr [<.xvg>] (pr.xvg)
file xvgr/xmgr
-q [<.xvg>] (mq.xvg)
file xvgr/xmgr
-prframe [<.xvg>] (prframe.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr
-quadro quadrato [<.xvg>] (sqframe.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr
Altre opzioni:
-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)
-tu (Ps)
Unità per i valori temporali: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none
-bidone (0.2)
[NASCOSTO]Binwidth (nm)
-modalità (diretto)
Modalità per il calcolo degli spettri sans: diretto, mc
-mcopertura (-1)
La copertura Monte-Carlo dovrebbe essere -1 (predefinito) o (0,1]
-metodo (arrivederci)
[NASCOSTO]Metodo per il calcolo degli spettri sans: debye, fft
-[no]pc (sì)
Utilizzare condizioni al contorno periodiche per calcolare le distanze
-griglia (0.05)
[NASCOSTO]Spaziatura della griglia (in nm) per FFT
-startq (0)
A partire da q (1/nm)
-endq (2)
Finale q (1/nm)
-qstep (0.01)
Passo in q (1/nm)
semi (0)
Seme casuale per Monte-Carlo
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