gmx-trjorder - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-trjorder - Ordina le molecole in base alla loro distanza da un gruppo

SINOSSI

gmx trjorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-xvg ] [creato ]
[-in ] [-[no] com] [-r ] [-[n] z]

DESCRIZIONE

gmx trjorder ordina le molecole in base alla distanza più piccola dagli atomi in un riferimento
gruppo o sulla coordinata z (con opzione -z). Con l'ordinamento a distanza, verrà richiesto un
gruppo di atomi di riferimento e un gruppo di molecole. Per ogni fotogramma della traiettoria il
le molecole selezionate verranno riordinate in base alla distanza più breve tra gli atomi
numero -in nella molecola e tutti gli atomi nel gruppo di riferimento. Il centro di massa di
le molecole possono essere utilizzate al posto di un atomo di riferimento impostando -in a 0. Tutti gli atomi in
la traiettoria viene scritta nella traiettoria di output.

gmx trjorder può essere utile ad esempio per analizzare le acque più vicine a una proteina. In questo
caso il gruppo di riferimento sarebbe la proteina e il gruppo di molecole sarebbe costituito da
tutti gli atomi d'acqua. Quando viene creato un gruppo indice delle prime n acque, l'ordine
la traiettoria può essere utilizzata con qualsiasi programma GROMACS per analizzare le acque più vicine.

Se il file di output è un PDB file, la distanza dal target di riferimento verrà memorizzata in
il campo del fattore B per colorare con, ad esempio, Rasmol.

Con l'opzione -nshell il numero di molecole all'interno di un guscio di raggio -r attorno a
vengono stampati i gruppi di riferimento.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice

Opzioni per specificare i file di output:

-o [<.xtc/.trr/...>] (ordinato.xtc) (Facoltativo)
Traiettoria: estasi TRR gro g96 PDB TNG

-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)

-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none

creato (3)
Numero di atomi in una molecola

-in (1)
Atomo utilizzato per il calcolo della distanza, 0 è COM

-[no] com (In)
Utilizzare la distanza dal centro di massa del gruppo di riferimento

-r (0)
Cutoff utilizzato per il calcolo della distanza quando si calcola il numero di molecole in
un guscio attorno ad esempio una proteina

-[n] z (In)
Ordina le molecole sulla coordinata z

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