locuspocus - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

locuspocus - calcola le coordinate del luogo per l'annotazione del gene data

SINOSSI

locuspoco [Opzioni] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

DESCRIZIONE

Opzioni di base:

-d|--debug
stampa messaggi di debug dettagliati sul terminale (errore standard)

-h|--aiuto
stampa questo messaggio di aiuto ed esci

-v|--versione
stampa il numero della versione ed esci

Analisi iLocus:

-l|--delta: INT
quando si analizzano i loci dell'intervallo, utilizzare il seguente delta per estendere i loci genici e includere
potenziali regioni di regolamentazione; il valore predefinito è 500

-s|--salta
quando si enumerano i luoghi dell'intervallo, escludere quelli non annotati (e presumibilmente incompleti)
iLoci alle due estremità della sequenza

-e|--solo fine
riporta solo frammenti di iLocus incompleti alle estremità non annotate delle sequenze
(complemento di --skipend)

-y|--skipiiloci
non segnalare iLoci inter intergenici

Opzioni di perfezionamento:

-r|--perfeziona
per impostazione predefinita i geni sono raggruppati nello stesso iLocus se hanno qualche sovrapposizione; 'perfezionare'
consente una gestione più sfumata dei geni sovrapposti

-c|--cd
utilizzare CDS piuttosto che UTR per determinare la sovrapposizione genica; implica la modalità "raffina"

-m|--sovrapposizione: INT
il numero minimo di nucleotidi due geni devono sovrapporsi per essere raggruppati nello stesso
iLocus; il valore predefinito è 1

Opzioni di uscita:

-n|--nome: STR
fornire una stringa di formato in stile printf per sovrascrivere il formato ID predefinito per new
luoghi creati; il valore predefinito è 'locus%lu' (locus1, locus2, ecc.) per loci e 'iLocus%lu'
(iLocus1, iLocus2, ecc.) per i luoghi dell'intervallo; nota che la stringa di formato dovrebbe includere a
singolo specificatore %lu da compilare con un valore intero lungo senza segno

-i|--obiettivo: FILE
creare un file con le lunghezze di ogni iLocus intergenico

-g|--mappa genica: FILE
stampa una mappatura da ogni annotazione di gene al suo locus corrispondente al dato
filetto

-o|--file di uscita: FILE
nome del file in cui verranno scritti i risultati; l'impostazione predefinita è terminale (standard
produzione)

-T|--retainidi
conservare gli ID delle caratteristiche originali dai file di input; sorgeranno conflitti se l'input
contiene valori ID duplicati

-t|--transmap: FILE
stampa una mappatura da ogni annotazione di trascrizione al suo locus corrispondente al
dato file

-V|--prolisso
includere tutte le sottocaratteristiche del locus (geni, RNA, ecc.) nell'output di GFF3; predefinito
include solo le funzioni del luogo

Opzioni di input:

-f|--filtro: TIPO
elenco separato da virgole dei tipi di funzionalità da utilizzare nella costruzione di loci/iLoci; l'impostazione predefinita è
'gene'

-p|--genitore: CT:PT
se esiste una caratteristica di tipo $CT senza un genitore, crea un genitore per questa caratteristica
con tipo $PT; per esempio, mRNA:gene creerà una caratteristica del gene come genitore per
qualsiasi caratteristica di mRNA di primo livello; questa opzione può essere specificata più volte

-u|--pseudo
correggere pseudogeni etichettati erroneamente

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