Questo è il comando macs2_predictd che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
macs2_predictd - Analisi basata su modello per il sequenziamento ChIP
DESCRIZIONE
utilizzo: macs2 previsto [-h] -i IFIL [FILI ...]
[-f {AUTO,BAM,SAM,LETTO,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}]
[-g GSIZE] [-s TSIZE] [--bw BN] [-m MFOLD MFOLD] [--outdir OUTDIR] [--rfile RFILE]
[--verbose VERBOSO]
opzionale argomenti:
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
-i IFIL [FILI ...], --ifile IFIL [FILI ...]
File di allineamento chip-seq. Se più file vengono dati come '-t AB C', allora lo faranno
tutto da leggere e combinare. Nota che i dati di fine coppia non dovrebbero funzionare con questo
comando. NECESSARIO.
-f {AUTO,BAM,SAM,LETTO,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}, --formato
{AUTO,BAM,SAM,LETTO,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}
Formato del file tag, "AUTO", "BED" o "ELAND" o "ELANDMULTI" o "ELANDEXPORT" o
"SAM" o "BAM" o "BOWTIE". L'opzione AUTO predefinita consentirà a MACS di decidere quale
il formato è il file. Si prega di controllare la definizione nel file README se si sceglie
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. PREDEFINITO: "AUTOMATICO"
-g TAGLIA, --gdimensione TAGLIA G
Dimensione effettiva del genoma. Può essere 1.0e+9 o 1000000000 o scorciatoie: 'hs' per umano
(2.7e9), 'mm' per topo (1.87e9), 'ce' per C. elegans (9e7) e 'dm' per moscerino della frutta
(1.2e8), Predefinito: hs
-s TAGLIA, --tsize TAGLIA
Dimensione dell'etichetta. Questo sovrascriverà la dimensione del tag rilevato automaticamente. PREDEFINITO: Non impostato
--bw BW
Larghezza di banda per selezionare le regioni per calcolare la dimensione del frammento. Questo valore viene utilizzato solo
durante la costruzione del modello mobile. PREDEFINITO: 300
-m FORMATO FORMATO, --mfold STAMPO STAMPO
Selezionare le regioni all'interno della gamma MFOLD di rapporto di arricchimento ad alta confidenza contro
sfondo per costruire il modello. L'arricchimento delle pieghe nelle regioni deve essere inferiore a quello superiore
limite e superiore al limite inferiore. Utilizzare come "-m 10 30". PREDEFINITA: 5 50
--dir FUORIDIR
Se specificato, tutti i file di output verranno scritti in quella directory. Predefinito: il
directory di lavoro corrente
--rfile Rfile.
PREFISSO del nome del file dello script R per disegnare la figura di correlazione X. PREDEFINITO: 'previsto'
e il file R sarà forecasted_model.R
--verboso VERBOSO
Imposta il livello dettagliato del messaggio di runtime. 0: mostra solo il messaggio critico, 1: mostra
messaggio di avviso aggiuntivo, 2: mostra le informazioni sul processo, 3: mostra i messaggi di debug.
PREDEFINITO: 2
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