Questo è il comando mhap che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
mhap - sovrapposizione probabilistica di sequenze
DESCRIZIONE
Si prega di impostare il -s oppure -p opzioni. Vedere le opzioni di seguito: MHAP: protocollo di allineamento MinHash.
Uno strumento per trovare sovrapposizioni di sequenze a lettura lunga (come PacBio o Nanopore) in
bioinformatica.
Versione: 1.6, tempo di compilazione: 09/12/2015 11:46 Utilizzo 1 (esecuzione diretta): java
server -Xmx -vaso -s[-Q
file>] [-f ] Utilizzo 2 (genera precalcolato
binari): java server -Xmx -vaso -p
-q [-F ]
--allineamento, default = falso
Opzione sperimentale.
--allineamento-offset, predefinito = -0.535
L'offset per tenere conto della varianza nel punteggio di corrispondenza dell'allineamento.
--punteggio-allineamento, predefinito = 1.0E-6
Il punteggio limite per le corrispondenze di allineamento.
--filtro-soglia, predefinito = 1.0E-5
[doppio], il cutoff al quale viene considerato il k-mer nel file del filtro k-mer
ripetitivo. Questo valore per un k-mer specifico è specificato nella seconda colonna in
il file del filtro Se non viene fornito alcun file di filtro, questa opzione viene ignorata.
--Aiuto, default = falso
Visualizza il menu di aiuto.
--max-spostamento, predefinito = 0.2
[doppio], dimensione della regione a sinistra e a destra della sovrapposizione stimata, come derivata
dallo spostamento mediano e dalla lunghezza della sequenza, dove le corrispondenze di un k-mer sono ancora
ritenuto valido. Solo filtro di secondo stadio.
--min-store-lunghezza, predefinito = 0
[int], La lunghezza minima della lettura memorizzata nella casella. Usato per filtrare
brevi letture da file FASTA.
--nanopore-veloce, default = falso
Imposta tutti i parametri per le impostazioni veloci Nanopore. Questo è il migliore del momento
guida e potrebbe cambiare in qualsiasi momento senza preavviso.
--non-sé, default = falso
Non calcolare le sovrapposizioni tra le sequenze all'interno di un riquadro. Dovrebbe essere usato quando il
da e verso le sequenze provengono da file diversi.
--num-hash, predefinito = 512
[int], numero di min-mer da utilizzare in MinHashing.
--num-min-match, predefinito = 3
[int], minimo # min-mer che deve essere condiviso prima di calcolare il filtro del secondo stadio.
Eventuali sequenze al di sotto di tale valore sono considerate non sovrapposte.
--num-thread, predefinito = 12
[int], numero di thread da utilizzare per il calcolo. Tipicamente impostato su 2 x #core.
--pacbio-veloce, default = falso
Impostare tutti i parametri per l'impostazione rapida di PacBio. Questo è il migliore del momento
guida e potrebbe cambiare in qualsiasi momento senza preavviso.
--pacbio-sensibile, default = falso
Imposta tutti i parametri per le impostazioni sensibili di PacBio. Questo è il migliore del momento
guida e potrebbe cambiare in qualsiasi momento senza preavviso.
--store-full-id, default = falso
Memorizza gli ID completi come si vede nel file FASTA, invece di memorizzare solo la sequenza
posizione nel file. Alcuni file FASTA hanno IDS lunghi, rallentando l'output dei risultati.
Questa opzione viene ignorata quando si utilizza il formato file compresso.
--soglia, predefinito = 0.04
[doppio], il cutoff del punteggio di somiglianza della soglia per la seconda fase di ordinamento-unione
filtro. Questo è basato sul numero medio di k-mer che corrispondono nella sovrapposizione
regione.
--versione, default = falso
Visualizza la versione e il tempo di compilazione.
--ponderato, default = falso
Eseguire MinHashing ponderato.
-f, predefinito = ""
File di filtro k-mer utilizzato per filtrare k-mer altamente ripetitivi. Deve essere ordinato
in ordine decrescente di frequenza (seconda colonna).
-h, default = falso
Visualizza il menu di aiuto.
-k, predefinito = 16
[int], dimensione k-mer utilizzata per MinHashing. La dimensione k-mer per il filtro del secondo stadio è
separato e non può essere modificato.
-p, predefinito = ""
Solo utilizzo 2. La directory contenente i file FASTA che dovrebbero essere convertiti in
formato binario per l'archiviazione.
-q, predefinito = ""
Utilizzo 1: il file FASTA di letture, o una directory di file, che verrà confrontato con
il set di letture nella casella (vedi -s). Utilizzo 2: la directory di output per il binario
file dat formattati.
-s, predefinito = ""
Solo uso 1. Il file FASTA o dat binario (vedi Uso 2) delle letture che saranno
memorizzato in una casella e con cui verranno confrontate tutte le letture successive.
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