Questo è il comando mkdssp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
mkdssp - Calcola la struttura secondaria per le proteine in un file PDB
SINOSSI
mkdssp [OPZIONE] pdbfile [dsspfile]
DESCRIZIONE
Il mkdssp programma è stato originariamente progettato da Wolfgang Kabsch e Chris Sander per
standardizzare l'assegnazione della struttura secondaria. DSSP è un database di struttura secondaria
assegnazioni (e molto altro) per tutte le voci di proteine nel Protein Data Bank (PDB) e
mkdssp è l'applicazione che calcola le voci DSSP dalle voci PDB. notare che
che mkdssp effettua non predire struttura secondaria.
VERSIONI
Se invochi mkdssp con un solo parametro, verrà interpretato come il file PDB per
processo e output verranno inviati a stdout. Se viene specificato un secondo parametro questo è
interpretato come il nome del file DSSP da creare. Sia l'input che il file di output
i nomi possono avere .gz o .bz2 come estensione con conseguente compressione adeguata.
-i, --ingresso Nome del file
Il nome del file di a PDB file formattato contenente i dati sulla struttura della proteina. Questo
file può essere un file compresso da gzip o bzip2.
-o, --produzione Nome del file
Il nome del file di a DSSP file da creare. Se il nome del file termina con .gz o .bz2 a
viene creato un file compresso.
-v, --verboso
Scrivi le informazioni diagnostiche.
--versione
Stampa il numero di versione ed esci.
-h, --Aiuto
Stampa il messaggio di aiuto ed esci. La directory contenente gli script del parser per
Sig.ra.
TEORIA
Il programma DSSP funziona calcolando l'assegnazione della struttura secondaria più probabile data
la struttura 3D di una proteina. Lo fa leggendo la posizione degli atomi in a
proteina (l'ATOM registra in un file PDB) seguito dal calcolo dell'energia del legame H
tra tutti gli atomi. I migliori due legami H per ogni atomo vengono quindi utilizzati per determinare il massimo
probabile classe di struttura secondaria per ciascun residuo nella proteina.
Ciò significa che è necessario disporre di una struttura 3D completa e valida affinché una proteina sia in grado di farlo
calcolare la struttura secondaria. Non c'è magia in DSSP, quindi ad esempio non può indovinare il
struttura secondaria per una proteina mutata per la quale non hai la struttura 3D.
DSSP RISORSE FORMATO
La parte di intestazione di ogni file DSSP è autoesplicativa, contiene alcune delle informazioni
copiato dal file PDB e ci sono alcune statistiche raccolte durante il calcolo del
struttura secondaria.
La seconda metà del file contiene le informazioni calcolate sulla struttura secondaria per
residuo. Quella che segue è una breve spiegazione per ogni colonna.
Colonna Nome Descrizione
? ?
# Il numero del residuo come contato da mkdssp
RESIDUO Il numero del residuo come specificato dal file PDB
seguito da un identificatore di catena.
AA Il codice di una lettera per l'amminoacido. Se questo
la lettera è minuscola significa che è a
cisteina che formano un ponte di zolfo con il
altro amminoacido in questa colonna con lo stesso
lettera minuscola.
STRUTTURA Questa è una colonna complessa contenente più sub
colonne. La prima colonna contiene una lettera
indicando la struttura secondaria assegnata a
questo residuo. I valori validi sono:
Code Descrizione
H alfa elica
Ponte B Beta
E filo
G Elica-3
Io elica-5
Girare a T
curva a S
Quello che segue sono tre colonne che indicano per
ciascuno dei tre tipi di elica (3, 4 e 5)
se questo residuo è un candidato nella formazione
questa elica. UN > carattere indica che inizia a
helix, un numero indica che si trova all'interno di tale
elica e a < carattere significa che termina l'elica.
La colonna successiva contiene un carattere S se questo
residuo è una possibile piegatura.
Poi c'è una colonna che indica la chiralità
e questo può essere positivo o negativo
(cioè la torsione alfa è positiva o
negativo).
Le ultime due colonne contengono le etichette del ponte beta.
Le minuscole qui significano ponte parallelo e quindi
maiuscolo significa anti parallelo.
BP1 e BP2 Il candidato per la prima e la seconda coppia di ponti, questo
è seguito da una lettera che indica il foglio.
ACC L'accessibilità di questo residuo, questo è il
superficie espressa in quadrato ngstrom che
accessibile da una molecola d'acqua.
NH-->O..O-->HN Quattro colonne, danno per ogni residuo la
Energia del legame H con un altro residuo in cui il
residuo corrente è o accettore o donatore.
Ogni colonna contiene due numeri, il primo è
un offset dal residuo corrente al
residuo del partner in questo legame H (in DSSP
numerazione), il secondo numero è il calcolato
energia per questo legame H.
TCO Il coseno dell'angolo tra C=O del
residuo corrente e C=O del residuo precedente. Per
alfa-eliche, il TCO è vicino a +1, per i fogli beta
Il TCO è vicino a -1. Non utilizzato per la struttura
definizione.
Kappa L'angolo di legame virtuale (angolo di piegatura) definito da
i tre atomi C-alfa della corrente residua
- 2, corrente e corrente + 2. Usato per definire
piega (codice struttura 'S').
Angoli di torsione della spina dorsale del peptide PHI e PSI IUPAC.
X-CA, Y-CA e Z-CA Le coordinate C-alfa
STORIA
L'applicazione DSSP originale è stata scritta da Wolfgang Kabsch e Chris Sander in Pascal.
Questa versione è una riscrittura completa in C++ basata sul codice sorgente originale. Qualche bug
sono stati corretti da allora e gli algoritmi sono stati modificati qua e là.
TUTTO
Il codice ha un disperato bisogno di un aggiornamento. La prima cosa che deve essere implementata è il
migliore riconoscimento delle pi-eliche. Un secondo miglioramento sarebbe quello di utilizzare l'angolo dipendente
Calcolo dell'energia del legame H.
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