xcrisden

PROGRAMMA:

NOME

xcrysden - visualizzatore di strutture cristalline e molecolari

SINOSSI

xcrisden [opzioni-speciali]
xcrisden [opzioni-speciali] opzioni-formato filetto|elenco

DESCRIZIONE

XCrySDen è un programma di visualizzazione della struttura cristallina e molecolare, che mira a
visualizzazione di isosuperfici e contorni, che possono essere sovrapposti a strutture cristalline
e ruotato e manipolato in modo interattivo.

SPECIALE VERSIONI

-h
--Aiuto
Visualizza messaggio di aiuto.

-v
--versione
Visualizza le informazioni sulla versione del programma.

-u id
--uso id
Carica XCrySDen incorporato nella finestra del contenitore con window-ID=id.

-r dim
--riduzione dim
Riduci la dimensione periodica del file XSF a dim. Deve essere specificato prima --xsf opzione,
per esempio, xcrisden -r 2 --xsf filetto.

-c filetto
--costume filetto
Carica definizioni personalizzate da un file specificato (la sintassi è quella di
~/.xcrysden/definizioni-personalizzate).

-a filetto
--attributi filetto
Carica attributi da file. Il formato del file degli attributi è il seguente:

ELEMENTOCOLORE
numero atomico1 red1 blue1 green1
numero atomico2 red2 blue2 green2
...
ELEMENTRADIO
numero atomico1 radius1
numero atomico2 radius2
...

-l filetto
--luci filetto
Carica i parametri delle luci dal file formattato delle luci di XCrySDen.

FORMATO VERSIONI

--xsf filetto
Carica la struttura dal file formattato XCrySDen's-Structure-File (XSF).

--animxsf filetto
--axsf filetto
Carica le strutture dal file formattato Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf filetto
Carica le bande dal file BXSF (Band-XSF) e visualizza la superficie di Fermi.

--xmol filetto
--xyz filetto
Carica struttura da file formattato XYZ.

--pdb filetto
Carica struttura da file in formato PDB.

--gzmat filetto
Struttura di carico dalla matrice Z gaussiana (richiede il programma Open-Babel).

--gaussiano_out filetto
--gxx_out filetto
--g98_out filetto
Carica la struttura dal file di output gaussiano. Solo calcolo a punto singolo e
l'esecuzione di ottimizzazione è supportata finora. Per la corsa di ottimizzazione è possibile
renderizzare tutte le strutture che sono state prodotte durante la corsa.

--cubo filetto
--gXX_cubo filetto
--g98_cubo filetto
Carica struttura da file cubo gaussiano. Il file cubo dovrebbe essere prodotto con il
Cubo=Opzione Carte. Sono supportati solo i file cubo scalari, ovvero Cube=(Cards,Density)
o Cubo=(Carte,Orbitali) o Cubo=(Carte,Potenziale). Fare riferimento al manuale GAUSSIAN per la
significato di queste parole chiave.

--cristallo_inp filetto
Carico struttura da CRYSTAL (http://http://www.cristallo.unito.it/) file di input.

--cristallo_f9 filetto
Carico struttura da CRYSTAL (http://http://www.cristallo.unito.it/) unità forte 9.

--wien_struct filehead|filetto|elenco
Struttura di carico da WIEN2k (http://www.wien2k.at/) struct-file, dove:

filehead = nome del file struct senza .struttura estensione,
filetto = nome file,
elenco = nome della cartella del caso.

--wien_kpath elenco|file-struttura
Leggi struct file e renderizza la prima zona Brillouin con speciali punti k. Il percorso K può essere
selezionati in modo interattivo facendo clic con il mouse sui punti k speciali. L'utente deve specificare Emin
e EMAX energie e numero totale di k-punti lungo il percorso. Questo numero è semplicemente
una stima del numero totale di k-punti, poiché XCrySDen cerca di diventare molto uniforme
campionamento di k-punti lungo il percorso (non specificare WIEN2k numero massimo consentito di k-
punti, poiché XCrySDen potrebbe generare pochi punti in più).

--wien_renderdensity elenco
Leggi struct, produzione e rho file e rende la struttura cristallina e precalcolata
densità di carica.

--densità_wien diario
La regione 2D o 3D per il calcolo della densità di carica viene scelta in modo interattivo da
clic del mouse. XCrySDen genera in5 file, calcola e rende la densità di carica
come isolinee/piani colore (2D) o isosuperfici (3D).

--wien_fermisurface elenco
Visualizza una finestra di attività per la creazione della superficie di Fermi. Dopo diversi passaggi il Fermi
la superficie è (si spera) disegnata come isosuperficie 3D.

--fhi_inpini filetto
Struttura di carico da FHI98MD inp.ini file formattato.

--fhi_coord filetto
Struttura di carico da FHI98MD coordinare file formattato.

--pwi
--pw_inp filetto
Carica struttura da pw.x ingresso file. pw.x è un programma pseudopotenziale di onde piane di
la distribuzione Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

--pwo
--pw_out filetto
Carica struttura da pw.x produzione file. pw.x è un programma pseudopotenziale di onde piane di
la distribuzione Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

-s copione
- script copione
Carica lo script dal file contenente lo script Tcl.

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