Questa è l'app Linux denominata Alphafold la cui ultima versione può essere scaricata come Alphafoldv2.3.2.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata Alphafold con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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Alphafold
DESCRIZIONE
Questo pacchetto fornisce un'implementazione della pipeline di inferenza di AlphaFold v2.0. Questo è un modello completamente nuovo che è stato inserito in CASP14 e pubblicato su Nature. Per semplicità, faremo riferimento a questo modello come AlphaFold nel resto di questo documento. Qualsiasi pubblicazione che riveli i risultati derivanti dall'uso di questo codice sorgente o dei parametri del modello dovrebbe citare il documento AlphaFold. Si rimanda anche alle Informazioni Supplementari per una descrizione dettagliata del metodo. Puoi utilizzare una versione leggermente semplificata di AlphaFold con questo blocco note Colab o versioni supportate dalla comunità. La dimensione totale del download per i database completi è di circa 415 GB e la dimensione totale una volta decompresso è di 2.2 TB. Assicurati di disporre di spazio su disco rigido, larghezza di banda e tempo sufficienti per il download. Si consiglia di utilizzare un SSD per prestazioni di ricerca genetica migliori.
Caratteristiche
- AlphaFold ha bisogno di più database genetici (sequenza) per funzionare
- Mentre il codice AlphaFold è concesso in licenza con la licenza Apache 2.0, i parametri AlphaFold sono resi disponibili per uso non commerciale
- 5 modelli che sono stati utilizzati durante CASP14 e sono stati ampiamente convalidati per la qualità della previsione della struttura
- 5 modelli pTM, che sono stati messi a punto per produrre pTM
- Il modo più semplice per eseguire AlphaFold è utilizzare lo script Docker fornito
- Per impostazione predefinita, Alphafold tenterà di utilizzare tutti i dispositivi GPU visibili
Linguaggio di programmazione
Python
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/alphafold.mirror/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
