Questa è l'app Linux denominata FamSeq, eseguibile online su Linux. La sua ultima versione può essere scaricata come FamSeq1.0.2.tar.gz. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata FamSeq per eseguirla gratuitamente online su Linux con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
FamSeq verrà eseguito online su Linux
Ad
DESCRIZIONE
È ancora difficile chiamare varianti rare. Negli studi di sequenziamento basati sulla famiglia, le informazioni provenienti da tutti i membri della famiglia dovrebbero essere utilizzate per identificare in modo più accurato nuove mutazioni germinali. FamSeq serve a questo scopo fornendo la probabilità che un individuo sia portatore di una variante, date le misurazioni grezze di tutta la sua famiglia. FamSeq ospita mutazioni de novo e può eseguire chiamate varianti al cromosoma X.Per adattarsi alle variazioni nella complessità dei dati, FamSeq è costituito da tre implementazioni distinte del modello genetico mendeliano: l'algoritmo della rete bayesiana, l'algoritmo di Elston-Stewart e l'algoritmo Monte Carlo della catena di Markov. Per rendere il software efficiente e applicabile a famiglie numerose, abbiamo parallelizzato l'algoritmo di rete bayesiano che gestisce i pedigree con cicli di consanguineità senza perdere la precisione di calcolo su un'unità di elaborazione grafica NVIDIA®.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
C++
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/famseq/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
