Questa è l'app Linux denominata FOCUS, la cui ultima versione può essere scaricata come FOCUS_0.31_python_2.7.XX.zip. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata FOCUS con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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DESCRIZIONE
FOCUS, una composizione innovativa e agile basata sull'utilizzo di minimi quadrati non negativi per profilare e segnalare gli organismi abbondanti presenti nei campioni metagenomici e la loro abbondanza relativa senza dipendenze dalla lunghezza della sequenza. Il programma è stato testato con metagenomi simulati e reali e i risultati mostrano che il nostro approccio predice gli organismi in comunità casuali.Disponibilità e implementazione: Il codice implementato in Python può essere trovato qui e un web-server a http://edwards.sdsu.edu/FOCUS.
Dipendenze: Jellyfish, Numpy e Scipy.
Citazione FOCUS
Silva, GGZ, DA Cuevas, BE Dutilh e RA Edwards, 2014: FOCUS: un modello privo di allineamento per identificare gli organismi nei metagenomi utilizzando i minimi quadrati non negativi. PeerJ, 2, e425,doi:10.7717/peerj.425.
Caratteristiche
- Metagenomi
- ricchezza
- Uniformità
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/metagenomefocus/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
