Questa è l'app Linux chiamata MyOrfeome, la cui ultima versione può essere scaricata come myorfeome-v2.1.tar.gz. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata MyOrfeome con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
Il mio Orfeo
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DESCRIZIONE
Strumenti bioinformatici per l'analisi di un orfeoma utilizzando ORF tradotte e confrontando ciascuna ORF con l'orfeoma/proteoma fornito. Il nostro script utilizza NCBI BLAST eseguito localmente e MySQL come motori principali in un modo nuovo e interessante.
È progettato specificamente per i genomi del Poxvirus e fornisce la nomenclatura VACV-COP e i gruppi ortologici del vaiolo bovino per ogni ORF. Le statistiche BLAST vengono generate confrontandole con il proteoma fornito. Può essere facilmente adattato ad altri genomi.
Caratteristiche
- Versione 2.1: verificare la presenza di NCBI BLAST da qualche parte nel percorso prima dell'esecuzione.
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- Scritto in bash, perl
- Può essere eseguito in ambiente Linux, Mac OS o Cygwin (Windows).
- Utilizza il database MySQL per generare tabelle.
- Open Source, sotto licenza BSD
- Scritto per la genomica comparativa del Poxvirus, ma può essere adattato ad altre specie.
- Software richiesto: Pearl, Mysql, Linux, BLAST.
- Versione futura: genera la tabella delle funzionalità per l'invio a Genbank
- Visita il nostro sito web per la versione più recente.
- Versione 2.0: diversi bug corretti. Lo script copia i soggetti predefiniti del proteoma nella directory di lavoro. Crea la directory di lavoro e verifica che i file fasta di input esistano. Bug noti: il descrittore dei file fasta non deve contenere caratteri speciali come: !@#$%^&*()_
- Versione 1.2 - Novità in questa versione: - Alcuni bug risolti. - Crea automaticamente la cartella di output. - Controlla l'utente e la password del DB. - Aggiunti alcuni commenti durante l'esecuzione dello script. - Incluso il proteoma MOCV.
- Bug noti: MySQL in Cygwin non trova i file. Non controlla se i file fasta contengono solo sequenze proteiche.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Shell Unix, Perl
Ambiente database
MySQL
Categorie
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/myorfeome/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
