Questa è l'app Linux denominata MIPgen la cui ultima versione può essere scaricata come mipgen_v15.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata MIPgen con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI:
MIPgen
DESCRIZIONE:
Generatore di potenziale di interazione molecolare
MIPGEN è un programma Python che calcolerà le griglie del potenziale di interazione molecolare
su una data molecola, che potrebbe essere una proteina o un piccolo composto organico (farmaco).
L'output sarà una serie di griglie in formato DX (*.dx) che l'utente potrà
per visualizzare utilizzando qualsiasi programma di visualizzazione molecolare come VMD, PyMol, Chimera...
Per ulteriori informazioni sulle dipendenze e sull'utilizzo, leggere la documentazione.
Gli utenti sono invitati a pubblicare qualsiasi bug o richiesta nel menu BUG E RICHIESTE. (sarà necessario un account sourceforge).
Caratteristiche
- Generazione MIP completamente automatica dato un semplice file PDB.
- Codice open source. Gli utenti sono invitati a contribuire estendendo le sonde o migliorando il codice.
- Calcola i potenziali di interazione molecolare basati su griglia su peptidi e altri sistemi macromolecolari (probabilmente ancora lento per i sistemi di grandi dimensioni)
- Calcola MIP su piccole molecole
- Sonde personalizzabili. Già implementato: idrofobico, donatore di H-Bond, accettore di H-Bond e sonde elettrostatiche.
- Assegnazione automatica dei tipi di atomi a piccole molecole e proteine interfacciandosi con Antechamber e tLeap opensource dal pacchetto AmbertTools (http://ambermd.org)
Pubblico
Scienza/Ricerca, Utenti finali avanzati, Sviluppatori, Utenti finali/Desktop
Interfaccia utente
Console/Terminale
Linguaggio di programmazione
Python
Ambiente database
SQLite
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/mipgen/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.