Questa è l'app Linux denominata rRNAFinder la cui ultima versione può essere scaricata come rRNAFinder-v1.1.1.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata rRNAFinder con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
rRNA Finder
DESCRIZIONE:
rRNAFinder è un piccolo pacchetto software perl, che può essere utilizzato per prevedere e classificare automaticamente i geni dell'RNA ribosomiale utilizzando i contig genoma/metagenoma assemblati come input. Il software è stato testato solo sul sistema operativo Linux.
Il programma "rRNAFinder.pl" incluso nel pacchetto utilizza il programma nhmmer che effettua la ricerca nei database arc.hmm, bac.hmm e euk.hmm per identificare i geni rRNA dai contigs di input. I geni rRNA predicati includono geni rRNA 16S, 18S, 23S, 28S, 5S e 5.8S.
Il programma "rna2taxon.pl" accetta le sequenze di geni rRNA in formato fasta sopra generate come input per produrre le assegnazioni tassonomiche per i geni di input. Le sequenze del gene rRNA di input vengono ricercate nei database SILVA SSU e LSU scaricati e riformattati utilizzando blastn.
Fare riferimento al file README.md dal repository rRNAFinder GitHub situato in https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder per istruzioni sulla configurazione e l'esecuzione di rRNAFinder
Caratteristiche
- Prevedere i geni rRNA (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s geni rRNA)
- Assegnazione tassonomica dei geni rRNA previsti mediante ricerca blastn nei database SILVA SSU e LSU
- Veloce e può utilizzare più thread della CPU
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.