זוהי הפקודה abacas שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
abacas - צירוף אוטומטי מבוסס אלגוריתם של רצפים מורכבים
תַקצִיר
אבקה -r נ"צ -q qs -p פרוג [אופציות]
OR
אבקה -r נ"צ -q PSF -e
נ"צ רצף הפניות בקובץ fasta יחיד
qs contigs בפורמט מולטי-פאסטה
ריה תוכנית MUMmer לשימוש: 'nucmer' או 'promer'
PSF pseudomolecule/קובץ רצף מסודר בפורמט fasta
אפשרויות
-h שימוש בהדפסה
-d השתמש בפרמטרים של nucmer/promer כברירת מחדל
-s int אורך מינימלי של מילה בהתאמה מדויקת (ברירת מחדל nucmer = 12, ברירת מחדל של promer
= 4)
-m להדפיס קבצים שהוזמנו לקובץ בפורמט מולטיפאסטה
-b הדפס קונטיגים בפח לקובץ
-N להדפיס פסאודומולקולה ללא "N"s
-i int מינימום אחוז זהות [ברירת מחדל 40]
-v כיסוי מינימלי קונtig [ברירת מחדל 40]
-V הפרש כיסוי מינימלי ב-intig [ברירת מחדל 1]
-l int minimum contig length [ברירת מחדל 1]
-t הפעל tblastx על contigs שאינם ממופים
-g מחרוזת (שם קובץ) הדפס אזורים (פערים) לא מכוסים בהתייחסות לשם הקובץ
-a לצרף contigs ב-bin לפסאודומולקולה
-o לקבצי פלט קידומת תהיה קידומת זו
-P בחר ערכות פריימר כדי לסגור פערים
-f מספר כולל של בסיסים משני צדי הרווח לעיצוב פריימר (ברירת מחדל
350)
-R int Run mummer [ברירת מחדל 1, השתמש -R 0 כדי לא לרוץ מאמר]
-e Escape contig הזמנה כלומר ללכת לעיצוב פריימר
-c רצף ההתייחסות הוא מעגלי
תיאור
ABACAS נועד להתחבר במהירות (ליישר, לסדר, להתמצא), להמחיש ולעצב
primers לסגירת פערים ברכיבים מורכבים ברובה ציד המבוססים על רצף התייחסות.
ABACAS משתמשת ב- MUMmer כדי למצוא מיקומי יישור ולזהות חיבורים של רכיבים מורכבים
נגד ההתייחסות. לאחר מכן הפלט מעובד ליצירת נטילת פסאודומולקולה
ציפיות ופערים חופפים בחשבון. ABACAS מייצר קובץ השוואה שיכול
לשמש כדי להמחיש קונטיגים מסודרים ומכוונים ב-ACT. Synteny מיוצג על ידי אדום
פסים שבהם עוצמת הצבע פוחתת עם ערכים נמוכים יותר של אחוז זהות ביניהם
בלוקים דומים. מידע על קונטיגים כגון הכיוון, אחוז זהות,
ניתן לראות כיסוי וחפיפה עם contigs אחרים גם על ידי טעינת הפלט
קובץ תכונה ב-ACT.
השתמש באבאקס באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net