cmemit - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

cmemit - רצפים לדוגמה ממודל קווריאנס

תַקצִיר

cmemit [אפשרויות]

תיאור

השמיים cmemit תוכניות דגימות (פולטות) רצפים ממודל(ים) שיתופיות ב , ו
כותב אותם לפלט. רצפי דגימה עשויים להיות שימושיים למגוון מטרות,
כולל יצירת תוצאות חיוביות אמיתיות סינתטיות עבור מדדים או בדיקות.

ברירת המחדל היא לדגום עשרה רצפים לא מיושרים מכל CM. לחילופין, עם ה -c
אפשרות, אתה יכול לפלוט רצף קונצנזוס של רוב יחיד; או עם ה -a אפשרות, אתה
יכול לפלוט יישור.

השמיים עשוי להכיל ספרייה של CMs, ובמקרה זה כל CM ישמש בתורו.

עשוי להיות '-' (מקף), כלומר קריאת קלט זה סטדין במקום קובץ.

עבור דגמים עם אפס צמדי בסיס, רצפים נדגמים ממסנן הפרופיל HMM במקום זאת
של ה-CM. עם זאת, מכיוון שדגמים אלה יהיו כמעט זהים (אלא אם כן אפשרויות מיוחדות
שימשו ב cmbuild כדי למנוע זאת), שימוש ב-HMM במקום ב-CM לא ישנה את
פלט בצורה משמעותית, אלא אם כן -l נעשה שימוש באופציה. עם -ל, ה-HMM יהיה
מוגדר עבור עמדות התחלה וסיום שווים של מודל, בעוד שה-CM לא. אתה יכול
כּוֹחַ cmemit לדגום תמיד מה-CM עם ה - באופן לא רגיל אוֹפְּצִיָה.

אפשרויות

-h עֶזרָה; הדפס תזכורת קצרה לגבי השימוש בשורת הפקודה והאפשרויות הזמינות.

-o שמור את הרצפים הסינתטיים לקובץ במקום לכתוב אותם ל-stdout.

-N ליצור רצפים. ערך ברירת המחדל עבור הוא 10.

-u כתוב את הרצפים שנוצרו בפורמט לא מיושר (FASTA). זוהי ברירת המחדל
התנהגות.

-a כתוב את הרצפים שנוצרו בפורמט מיושר (STOCKHOLM) עם קונצנזוס
הערת מבנה ולא FASTA. פורמטי פלט אחרים אפשריים עם
-- פורמט אוֹפְּצִיָה.

-c חזה רצף קונצנזוס של רוב יחיד במקום רצפי דגימה
מהתפלגות ההסתברות של ה-CM. שאריות שמורות מאוד (זיווג בסיס
שאריות עם ציון גבוה מ-3.0 סיביות, או שאריות בודדות עם ציון
גבוה מ-1.0 סיביות) מוצגות באותיות גדולות; אחרים מוצגים באותיות קטנות.

-e הטמע את הרצפים הנפלטים של CM ברצף גדול יותר שנוצר באקראי של אורך
נוצר מ-HMM שאומן על רצפים גנומיים אמיתיים עם שונים
תוכן GC (אותו HMM בשימוש על ידי cmcalibrate). אתה יכול להשתמש ב --אייד אפשרות ל
צור 25% רצף A, C, G ו-U במקום זאת. רצף ה-CM הנפלט יתחיל
במיקום אקראי בתוך הרצף הגדול יותר וייכלל בו
בשלמותה אלא אם כן --u5p or --u3p נעשה שימוש באפשרויות. מתי -e משמש
שילוב עם --u5p, רצף ה-CM הנפלט תמיד יתחיל בעמדה 1 של
הרצף הגדול יותר ויקוצץ 5'. בשימוש בשילוב --u3p ה-CM
רצף הנפלט תמיד יסתיים במיקום של הרצף הגדול יותר ויהיה
קטוע 3'.

-l הגדר את CMs למצב מקומי לפני פליטת רצפים. כברירת מחדל הדגם
יהיה במצב גלובלי. במצב מקומי, הוספות ומחיקות גדולות הן יותר
נפוץ מאשר במצב גלובלי.

אפשרויות עבור קטיעה נפלטה רצפים

--u5p חתוך את כל הרצפים הנפלטים בעמדת התחלה שנבחרה באקראי , על ידי בלבד
פלט שאריות החל ב . נקודת התחלה אחרת נבחרת באופן אקראי
עבור כל רצף.

--u3p חתוך את כל הרצפים הנפלטים במיקום קצה שנבחר באקראי , על ידי בלבד
פלט שאריות עד למיקום . נקודת סיום אחרת נבחרת באופן אקראי
עבור כל רצף.

--a5p
בשילוב עם -a אפשרות, לקצץ את היישור הנפלט באופן אקראי
עמדת תחילת המשחק שנבחרה , רק על ידי פלט של עמודות יישור עבור עמדות
לאחר מצב המשחק - 1. חייב להיות מספר שלם בין 0 לקונצנזוס
אורך הדגם (שניתן לקבוע באמצעות ה- cmstat תכנית. בתור מיוחד
מקרה, באמצעות 0 as יביא לעמדת התחלה שנבחרה באופן אקראי.

--a3p
בשילוב עם -a אפשרות, לקצץ את היישור הנפלט באופן אקראי
עמדת משחק הסיום שנבחרה , רק על ידי פלט של עמודות יישור עבור עמדות
לפני מצב המשחק + 1. חייב להיות מספר שלם בין 1 לקונצנזוס
אורך הדגם (שניתן לקבוע באמצעות ה- cmstat תכנית). כ
מקרה מיוחד, באמצעות 0 as יביא לעמדת קצה שנבחרה באופן אקראי.

אחר אפשרויות

--זֶרַע
זרעי את מחולל המספרים האקראיים עם , מספר שלם >= 0. אם אינו אפס,
דגימה סטוכסטית של רצפים תהיה ניתנת לשחזור; אותה פקודה תיתן
אותן תוצאות. אם הוא 0, מחולל המספרים האקראיים מוזרע באופן שרירותי,
ודגימות סטוכסטיות ישתנו מהפעלה להרצה של אותה פקודה. ה
ברירת המחדל היא 0.

--אייד עם , צור את הרצפים הגדולים יותר כ-25% כל אחד A, C, G ו-U.

--rna ציין שהרצפים הנפלטים יופקו כרצפי RNA. זה נכון לפי
ברירת המחדל.

--דנ"א ציין שהרצפים הנפלטים יופקו כרצפי DNA. כברירת מחדל, ה
אלפבית פלט הוא RNA.

--idx
ציין שהרצפים הנפלטים יקבלו שמות החל ב- .. By
ברירת מחדל הוא 1.

-- פורמט
עם -א, ציין את פורמט יישור הפלט כ . פורמטים מקובלים הם: Pfam,
AFA, A2M, Clustal ו-Phylip. AFA מיושר fasta. רק Pfam ושטוקהולם
פורמטים של יישור יכללו הערת מבנה קונצנזוס.

--tfile
זרוק פרסי-עצים של רצף טבלאי (עקיבות) עבור כל רצף שנפלט לקובץ
. שימושי בעיקר לניפוי באגים.

--exp
הגדל את הסתברויות הפליטה והמעבר של ה-CM על ידי ולאחר מכן
לנרמל מחדש את ההתפלגות לפני פליטת רצפים. אפשרות זו משנה את
התפלגות הסתברות CM של עצי ניתוח ביחס לברירת המחדל. עם פחות מ
1.0 הרצפים הנפלטים נוטים לקבל ציוני סיביות נמוכים יותר עם יישור ל-
ס"מ. כאשר גדול מ-1.0, הרצפים הנפלטים נוטים לקבל סיביות גבוהה יותר
ציונים בעת יישור ל-CM. הפרש ציון סיביות זה יגדל כ-
מתרחק מ-1.0 לכל כיוון. אם שווה ל-1.0, אפשרות זו
אין השפעה ביחס לברירת המחדל. אפשרות זו שימושית ליצירת רצפים
או שהם יותר קשים ( < 1.0) או קל יותר ( > 1.0) עבור ה-CM
להבחין כהומולוגי מרקע, רצף אקראי.

- באופן כללי
פלט מפרופיל המסנן HMM במקום ה-CM.

- באופן לא רגיל
לעולם אל תפלוט מפרופיל המסנן HMM, השתמש תמיד ב-CM, אפילו עבור דגמים עם
אפס זוגות בסיס.

השתמש ב-cmemit באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net