זוהי הפקודה edialigne שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
edialign - יישור מקומי מרובה של רצפים
תַקצִיר
edialign -רצפים seqset -נוקמוד רשימה -revcomp בוליאני [-חפיפה מבחר]
[-הַצמָדָה רשימה] [-maxfragl מספר שלם] -פרגמט בוליאני -פרגסים מספר שלם
[-התוצאה שלו בוליאני] [-מפתן לצוף] -מסכה בוליאני -דוסטארים בוליאני
-סטארנום מספר שלם -תיק אוסף -outseq ההמשך
edialign עזרה
תיאור
edialign היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "יישור: ריבוי".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-רצפים seqset
נוסף סעיף
-נוקמוד רשימה
מצב יישור רצף חומצות גרעין (פשוט, מתורגם או מעורב) ערך ברירת מחדל: n
-revcomp בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
-חפיפה מבחר
כברירת מחדל, נעשה שימוש במשקלי חפיפה כאשר Nseq =<35 אך אתה יכול להגדיר זאת ל'כן' או
'לא' ערך ברירת מחדל: ברירת מחדל (כאשר Nseq =<35)
-הַצמָדָה רשימה
שיטת אשכול לבניית עץ רצף (UPGMA, מינימום קישור או מקסימום
קישור) ערך ברירת מחדל: UPGMA
-maxfragl מספר שלם
ערך ברירת מחדל: 40
-פרגמט בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
-פרגסים מספר שלם
ערך ברירת מחדל: 4
-התוצאה שלו בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
-מפתן לצוף
ערך ברירת מחדל: 0.0
תְפוּקָה סעיף
-מסכה בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
-דוסטארים בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
-סטארנום מספר שלם
ערך ברירת מחדל: 4
-תיק אוסף
-outseq ההמשך
השתמש ב-edialigne באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net