gmx-potential - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-potential - חשב את הפוטנציאל האלקטרוסטטי על פני הקופסה

תַקצִיר

פוטנציאל gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-o [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-שֶׁל [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ]
[-d ] [-סל ] [-cb ] [-לִספִירַת הַנוֹצרִים ]
[-צ ] [-[לא] כדורי] [-נג ] [-[לא]נכון]

תיאור

GMX פוטנציאל מחשב את הפוטנציאל האלקטרוסטטי על פני הקופסה. הפוטנציאל הוא
מחושב על ידי סיכום המטענים לכל פרוסה ולאחר מכן שילוב כפול מזה
התפלגות מטען. גבולות מחזוריים אינם נלקחים בחשבון. התייחסות ל
הפוטנציאל נלקח כצד שמאל של התיבה. ניתן גם לחשב את
פוטנציאל בקואורדינטות כדוריות כפונקציה של r על ידי חישוב התפלגות מטען
בפרוסות כדוריות ואינטגרציה כפולה שלהן. epsilon_r נלקח כ-1, אבל 2 יותר
מתאים במקרים רבים.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx)
קובץ אינדקס

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xvg>] (פוטנציאל.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-oc [<.xvg>] (charge.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-שֶׁל [<.xvg>] (field.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-d (ז)
קח את הנורמלי על הממברנה בכיוון X, Y או Z.

-סל (10)
חשב את הפוטנציאל כפונקציה של אורך הקופסה, תוך חלוקת הקופסה במספר זה של
פרוסות.

-cb (0)
השלך את מספר הפרוסות הראשונות של הקופסה לצורך אינטגרציה

-לִספִירַת הַנוֹצרִים (0)
השלך את מספר הפרוסות האחרונות של הקופסה לצורך אינטגרציה

-צ (0)
תזז את כל הקואורדינטות במרחק זה לכיוון התיבה

-[לא] כדורי (לא)
חשב דבר כדורי

-נג (1)
מספר קבוצות שיש לקחת בחשבון

-[לא]נכון (לא)
נניח אפס מטען נטו של קבוצות כדי לשפר את הדיוק

ידוע סוגיות

· אין צורך בהסרת פרוסות לצורך אינטגרציה.

השתמש ב-gmx-potential באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net