זוהי הפקודה gmx-trjorder שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
gmx-trjorder - סדר מולקולות לפי מרחקן לקבוצה
תַקצִיר
gmx tjorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-xvg ] [נוצר ]
[-in ] [-[no]com] [-r ] [-[no]z]
תיאור
GMX טרורדר מסדר מולקולות לפי המרחק הקטן ביותר לאטומים בנקודת ייחוס
קבוצה או על קואורדינטת z (עם אפשרות -z). בהזמנה מרחוק, הוא יבקש א
קבוצה של אטומי ייחוס וקבוצת מולקולות. עבור כל מסגרת של המסלול,
מולקולות נבחרות יסודרו מחדש לפי המרחק הקצר ביותר בין האטומים
מספר -in במולקולה ובכל האטומים בקבוצת הייחוס. מרכז המסה של
ניתן להשתמש במולקולות במקום אטום ייחוס על ידי הגדרת -in ל-0. כל האטומים ב
המסלול נכתבים למסלול הפלט.
GMX טרורדר יכול להיות שימושי, למשל, לניתוח n המים הקרובים ביותר לחלבון.
במקרה כזה, קבוצת הייחוס תהיה החלבון וקבוצת המולקולות תורכב מ
כל אטומי המים. כאשר נוצרת קבוצת אינדקס של n אטומי המים הראשונים, הקבוצה המסודרת
ניתן להשתמש במסלול עם כל תוכנת GROMACS כדי לנתח את n המים הקרובים ביותר.
אם קובץ הפלט הוא .pdb קובץ, המרחק ליעד הייחוס יישמר ב
שדה גורם B על מנת לצבוע עם למשל Rasmol.
עם אפשרות -nshell מספר המולקולות בתוך קליפה בעלת רדיוס -r מסביב
קבוצת הייחוס מודפסת.
אפשרויות
אפשרויות לציון קבצי קלט:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס
אפשרויות לציון קבצי פלט:
-o [<.xtc/.trr/...>] (הזמין.xtc) (אופציונלי)
מַסלוּל: xtc trr gro g96 pdb tng
-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr
אפשרויות אחרות:
-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול
-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול
-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)
-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none
נוצר (3)
מספר האטומים במולקולה
-in (1)
האטום המשמש לחישוב המרחק, 0 הוא COM
-[no]com (לא)
השתמש במרחק למרכז המסה של קבוצת הייחוס
-r (0)
נקודת החיתוך המשמשת לחישוב המרחק בעת חישוב מספר המולקולות ב
קליפה סביב חלבון, למשל
-[no]z (לא)
סדר מולקולות על קואורדינטת z
השתמש ב-gmx-trjorder באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net