זוהי הפקודה hmm2emit שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
hmm2emit - צור רצפים מפרופיל HMM
תַקצִיר
הממ2פליטה [אפשרויות] hmmfile
תיאור
הממ2פליטה קורא קובץ HMM מ hmmfile המכיל HMM אחד או יותר, ויוצר א
מספר רצפים מכל HMM; או, אם ה -c נבחרת, צור יחיד
קונצנזוס רוב-שלטון. זה יכול להיות שימושי עבור יישומים שונים שבהם צריך א
סימולציה של רצפים התואמת קונצנזוס משפחתי של רצף.
כברירת מחדל, הממ2פליטה יוצר 10 רצפים ומוציא אותם בפורמט FASTA (לא מיושר).
אפשרויות
-a כתוב את הרצפים שנוצרו בפורמט מיושר (SELEX) ולא ב-FASTA.
-c חזה רצף קונצנזוס של רוב יחיד במקום רצפי דגימה
מהתפלגות ההסתברות של HMM. שאריות שמורות מאוד (p >= 0.9 עבור
DNA, p >= 0.5 עבור חלבון) מוצגים באותיות גדולות; אחרים מוצגים באותיות קטנות.
מדינות מסוימות עשויות להפוך לחלק מהקונצנזוס של שלטון הרוב, כי הן כן
בשימוש ב->= 50% מהרצפים שנוצרו; כאשר זה קורה, שאריות שנוצרו על ידי הוספה
מוצגים פשוט בתור "x".
-h הדפס עזרה קצרה; כולל מספר גרסה וסיכום של כל האפשרויות, כולל
אפשרויות מומחים.
-n ליצור רצפים. ברירת המחדל היא 10.
-o שמור את הרצפים הסינתטיים לקובץ במקום לכתוב אותם ל-stdout.
-q שֶׁקֶט; לדכא את כל הפלט מלבד הרצפים עצמם. שימושי לצנרת
או בימוי הפלט.
EXPERT אפשרויות
--זֶרַע
הגדר את הזרע האקראי ל , איפה הוא מספר שלם חיובי. ברירת המחדל היא להשתמש
זְמַן() ליצור סיד שונה עבור כל ריצה, כלומר שניים שונים
פועל של הממ2פליטה על אותו HMM ייתן תוצאות מעט שונות. אתה יכול להשתמש
אפשרות זו ליצירת תוצאות הניתנות לשחזור.
השתמש ב-hmm2emit באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net