idfetch - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

idfetch - אחזר נתונים ביולוגיים משרת NCBI ID1

תַקצִיר

idfetch [-] [-F str] [-G שם הקובץ] [-Q שם הקובץ] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l שם הקובץ] [-n] [-o שם הקובץ] [-q str] [-s str] [-t N]

תיאור

idfetch הוא לקוח עבור שרת ID1 של NCBI, המכיל מסד נתונים גדול של הערות
רצפים ביולוגיים.

אפשרויות

סיכום האפשרויות כלול להלן.

- הדפס הודעת שימוש

-F str הוסף את סוגי התכונות שצוינו (מופרדים בפסיק); הערכים המותרים הם CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA ו-microRNA.

-G שם הקובץ
קובץ עם רשימה של GIs, כניסות (גרסאות), FASTA SeqIDs ל-dump

-Q שם הקובץ
צור רשימת GI לפי שאילתת Entrez ב שם הקובץ; דורש -דנ or -dp.

-c N מורכבות מקסימלית:
0 קבל את כל הכתם (ברירת מחדל)
1 לקבל את ה-bioseq של עניין
2 קבל את ה-bioseq המינימלי המכיל את ה-bioseq המעניין
3 קבל את ה-nuc-prot המינימלי המכיל את ה-bioseq המעניין
4 קבלו את ערכת הפאב המינימלית המכילה את הביוסק המעניין

-d str מסד נתונים לשימוש (עם -q, יכול להיות גם n עבור נוקלאוטידים או p עבור חלבונים).

-e N מספר ישות (מספר אחזור) ל-dump

-f str SeqId שטוח. פורמטים אפשריים:
סוג([שם][,[הצטרפות][,[לשחרר][,גרסה]]]) בתור '5(HUMHBB)'
סוג=הצטרפות
סוג:מספר
(סוג הוא מספר המציין את תת-הסוג ASN.1 Seq-id.)

-g N מזהה GI עבור ישות בודדת ל-dump

-i N סוג חיפוש:
0 קבל כניסה ל-Seq (ברירת מחדל)
1 קבל מצב GI (פלט ל-stderr)
2 קבל SeqIds
3 קבל היסטוריית GI (שינוי רצף בלבד)
4 קבל היסטוריית גרסאות (כל שינוי ב-ASN.1)

-l שם הקובץ
קובץ לוג

-n פלט רק את רשימת ה-GIs (עם -q ו -Q).

-o שם הקובץ
שם קובץ עבור פלט (ברירת מחדל = stdout)

-q str צור רשימת gi לפי שאילתת Entrez. דורש -דנ or -dp.

-s str SeqId בסגנון FASTA מצורף במרכאות. פורמטים:
lcl|int or str
bbs|int
bbm|int
gb|ACC|loc
emb|ACC|loc
פיר|ACC|שם
sp|ACC|שם
טפיחה|מדינה|פטנט|seq
gi|int
dbj|ACC|loc
prf|ACC|שם
pdb|כניסה|שרשרת

-t N סוג פלט:
טקסט אחד ASN.1 (ברירת מחדל)
2 ASN.1 בינארי
3 GenBank (כניסה ל-Seq בלבד)
4 GenPept (כניסה ל-Seq בלבד)
5 FASTA (טבלה להיסטוריה)
6 ציוני איכות (כניסה שנייה בלבד)
7 Entrez DocSums
8 השלמה הפוכה של FASTA

השתמש ב-idfetch באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net