זהו הפקודה תאר אינדיגו שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
אינדיגו-תאר - שימוש בעיבוד מולקולה ותגובה
תַקצִיר
מתאר אינדיגו infile.{mol,rxn,cml,smi} קובץ outfile.{png,svg,pdf} [פרמטרים]
מתאר אינדיגו infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [פרמטרים]
מתאר אינדיגו infile.smi outfile.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [פרמטרים]
מתאר אינדיגו - סמיילים outfile.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [פרמטרים]
מתאר אינדיגו עזרה
תיאור
מתאר אינדיגו משמש לתיאור מולקולות.
אפשרויות
מתאר אינדיגו יכול לקרוא קבצי קלט או קוד SMILES מהקלט הסטנדרטי. אלה יכולים להיות
ואחריו אחד או יותר מהפרמטרים הבאים.
-w
רוחב התמונה בפיקסלים
-h
גובה התמונה בפיקסלים
-אגרת חוב
אורך קשר ממוצע בפיקסלים
-שוליים
שוליים אופקיים ואנכיים, בפיקסלים. אין שוליים כברירת מחדל
-עוֹבִי
הגדר מקדם עובי יחסי. ברירת המחדל היא 1.0
-רוחב קו
הגדר מקדם רוחב קו חיבור. ברירת המחדל היא 1.0
-תווית
הגדר מצב תצוגת תווית אטום. ברירת המחדל היא טרמינלי-הטרו
-הידרו
הצג מימנים מרומזים. ברירת המחדל היא on
-[דה]ארום
כוח [דה] ארומטיזציה
-סטרו
מצב תצוגה של קבוצות סטריאו. ברירת המחדל היא זקן
-cdbwsa
קשרים כפולים מרכזיים שיש להם קשר סטריאו סמוך (מושבת כברירת מחדל)
-שאילתא התייחס לקלט כאל מולקולת שאילתה או תגובה (מושבת כברירת מחדל)
-חכמים
התייחס לקלט כאל מולקולת שאילתה או תגובה של SMARTS (מושבת כברירת מחדל)
-idfield
יש לשים שדה SDF/RDF במקום '%s' בשמות הקבצים השמורים (ברירת המחדל היא
מספר מולקולה/תגובה)
-זרזים
מיקום זרזי תגובה מול החץ. ברירת המחדל היא מעל ומתחת
-תגובה
הערת טקסט יש לשים מעל המולקולה או התגובה. אין ערך ברירת מחדל
-הקזת הערות
רווח אנכי (בפיקסלים) בין ההערה למבנה
- שדה הערות
השתמש בשדה SDF/RDF שצוין כהערה
-שם הערה
השתמש בשם המולקולה/תגובה כהערה
-הערות
גורם גודל גופן של הערות טקסט ביחס לעובי הקשר. ברירת המחדל היא 6
-הערות
מיקום הערת טקסט (למטה כברירת מחדל)
-תיאום תגובות <0..1>
יישור הערות טקסט, ערך צף: 0 = שמאל, 0.5 = מרכז, 1 = נכון
-גִוּוּן
הפעל/השבת צביעה. ברירת המחדל היא on
-עבה
אפשר הדגשה עם קווים עבים ותווים מודגשים
-hlcolor
אפשר הדגשה עם צבע. ערכי הרכיב חייבים להיות בטווח [0 ..255]
-bgcolor
הגדר את צבע הרקע. ערכי הרכיב חייבים להיות בטווח [0 ..255]
-צבע בסיסי
הגדר את צבע החזית המוגדר כברירת מחדל. ערכי הרכיב חייבים להיות בטווח [0 ..255]
-aamcolor
הגדר את הצבע של מדדי AAM. ערכי הרכיב חייבים להיות בטווח [0 ..255]
-dsgcolor
הגדר את הצבע של נתונים SGroups. ערכי הרכיב חייבים להיות בטווח [0 ..255]
-צבע תגובה
הגדר את צבע ההערה. ערכי הרכיב חייבים להיות בטווח [0 ..255]
-מספרי אטומים
הצג מספרי אטומים (למטרות איתור באגים בלבד)
-מספרי איגרות חוב
הצג מספרי איגרות חוב (למטרות איתור באגים בלבד)
-מבוסס אחד
התחל את מדדי האטום והקשרים מאחד. ברירת המחדל היא מאפס
עזרה הדפס הודעת עזרה זו
דוגמאות
מתאר אינדיגו infile.mol outfile.png -גִוּוּן כבוי -ארום
מתאר אינדיגו database.sdf molecule_%s.png -idfield cdbregno -עוֹבִי 1.1
מתאר אינדיגו database.smi database.sdf
מתאר אינדיגו - CC.[O-][*-]([O-])=O query.png -שאילתא
מתאר אינדיגו - OCO>>CC(C)N תגובה.rxn
השתמש באינדיגו מקוון באמצעות שירותי onworks.net