iqtree - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

iqtree - תוכנה פילוגנטית יעילה לפי סבירות מקסימלית

תַקצִיר

איי-טרי -s [אפשרויות]

תיאור

IQ-TREE גרסה 1.3.11.1 עבור לינוקס 64 סיביות נבנה ב-1 בפברואר 2016 זכויות יוצרים © 2011-2015 נגוין
לאם טונג, אולגה צ'רנומור, ארנדט פון האסלר ובוי קואנג מין.

כללי אפשרויות:
-? או -h
הדפסת תיבת דו-שיח עזרה זו

-s
יישור קלט בפורמט PHYLIP/FASTA/NEXUS/CLUSTAL/MSF

-רחוב
BIN, DNA, AA, NT2AA, קודון, MORPH (ברירת מחדל: זיהוי אוטומטי)

-q
מודל מחיצה מקושרת לקצה (קובץ בפורמט NEXUS/RAxML)

-spp כְּמוֹ -q אפשרות אך מאפשרת קצב ספציפי למחיצה

-sp מודל מחיצה לא מקושרת בקצה (כמו -M אפשרות של RAxML)

-t | BIONJ | אקראי
עץ התחלתי (ברירת מחדל: 100 עצי פרסימוניה ו-BIONJ)

-תה כְּמוֹ -t אבל תיקון עץ המשתמש (לא בוצע חיפוש עץ)

-o
שם טקסון קבוצת חוץ לכתיבת .treefile

-מִרֹאשׁ
שימוש עבור קבצי פלט (ברירת מחדל: aln/partition)

-זֶרַע
מספר זרעים אקראי, משמש בדרך כלל למטרות ניפוי שגיאות

-v, -vv, -vvv
מצב מפורט, הדפסת הודעות נוספות למסך

NEW סטוכסטי עץ לחפש אַלגוֹרִיתְם:
-pll השתמש בספריית סבירות פילוגנטית (PLL) (ברירת מחדל: כבוי)

מספרים
מספר עצי פרסימוניה ראשוניים (ברירת מחדל: 100)

-טופארס
מספר עצי הפרסמוניה הטובים ביותר (ברירת מחדל: 20)

-ספרד
רדיוס לחיפוש SPR של פרסימוניה (ברירת מחדל: 6)

-numcand
גודל קבוצת עצי העץ המועמדים (ברירת מחדל: 5)

-אדם
עוצמת הפרעה עבור NNI אקראי (ברירת מחדל: 0.5)

-כלני
בצע חיפוש NNI יסודי יותר (ברירת מחדל: כבוי)

-numstop
מספר איטרציות לא מוצלחות לעצירה (ברירת מחדל: 100)

-n <#איטרציות>
תקן את מספר האיטרציות ל-<#iterations> (ברירת מחדל: אוטומטי)

-iqp השתמש בהפרעת עץ IQP (ברירת מחדל: NNI אקראי)

-אייקפני
חזרה לאלגוריתם חיפוש העץ הישן של IQPNNI

אולטרה מהיר אתחול:
-ב <#משכפל>
אתחול אולטרה-מהיר (>=1000)

-wbt כתיבת עצי bootstrap לקובץ .ufboot (ברירת מחדל: ללא)

-wbtl כמו -wbt אבל גם כתיבת אורכי ענפים

-נ"מ <#איטרציות>
מספר איטרציות מקסימלי (ברירת מחדל: 1000)

-nstep <#איטרציות> #איטרציות עבור כלל עצירת UFBoot (ברירת מחדל: 100)

-bcor
מקדם מתאם מינימלי (ברירת מחדל: 0.99)

-בפס
RELL אפסילון לשבירת תיקו (ברירת מחדל: 0.5)

תקן לא פרמטרי אתחול:
-b <#משכפל>
Bootstrap + עץ ML + עץ קונצנזוס (>=100)

-לִפנֵי הַסְפִירָה <#משכפל>
Bootstrap + עץ קונצנזוס

-בו <#משכפל>
Bootstrap בלבד

יחיד סניף TEST:
-התראה <#משכפל>
מבחן יחס סבירות משוער דמוי SH (SH-aLRT)

-התראה 0
מבחן aLRT פרמטרי (אניסימובה וגסקואל 2006)

-אבייס
מבחן Bayes משוער (Anisimova et al. 2011)

-ליברה <#משכפל>
הסתברויות אתחול מקומיות מהירות

אוטומטית דגם בְּחִירָה:
-m מבחן בלבד
בחירת מודל סטנדרטית (כמו jModelTest, ProtTest)

-m מבחן
כמו -m בדיקה בלבד אך לאחר מכן שחזור עץ

-m בדיקה חדשה בלבד
בחירת מודלים חדשה הכוללת הטרוגניות FreeRate (+R)

-m בדיקה חדשה
כמו -m בדיקה חדשה בלבד אך לאחר מכן שחזור עץ

-m בדיקה בלבד
בחר את סכמת המחיצות המתאימה ביותר (כמו PartitionFinder)

-m מיזוג מבחן
כמו -m בדיקה בלבד אך לאחר מכן שחזור עץ

-m בדיקהחדשה בלבד
כמו -m TESTMENGONLY אך כולל הטרוגניות FreeRate

-m בדיקת מיזוג חדש
כמו -m TESTNEWMERGEONLY ולאחר מכן שחזור עץ

-rcluster
אחוז זוגות המחיצות (אלגם אשכול רגוע)

-mset התוכנית
הגבל את החיפוש למודלים הנתמכים על ידי תוכנות אחרות (למשל, raxml, phyml או
מרבייס)

-mset m1,...,mk
הגבל את החיפוש למודלים ברשימה מופרדת בפסיקים (לדוגמה -mset WAG, LG, JTT)

-msub מָקוֹר
הגבל את החיפוש למודלים של AA שנועדו למקורות ספציפיים (למשל, גרעיניים,
מיטוכונדריאלי, כלורופלסט או ויראלי)

-mfreq f1,...,fk
הגבל את החיפוש לשימוש ברשימה של תדרי מצב (חלבון ברירת מחדל: -mfreq FU,F;
קודון: -mfreq ,F1x4,F3x4,F)

-mrate r1,...,rk
הגבל את החיפוש לשימוש ברשימה של מודלים של תעריפים בין אתרים (למשל -mrate
E,I,G,I+G,R)

-cmin
מספר קטגוריות מינימלי עבור מודל FreeRate [+R] (ברירת מחדל: 2)

-cmax
מספר קטגוריות מקסימלי עבור מודל FreeRate [+R] (ברירת מחדל: 10)

זכות AIC|AICc|BIC
קריטריון אופטימליות לשימוש (ברירת מחדל: הכל)

-mtree ביצוע חיפוש עץ מלא עבור כל מודל הנבחן

-מרדו התעלמות מתוצאות המודל שחושבו קודם לכן (ברירת מחדל: לא)

-מד mx1,...,mxk
רשימת מודלים של תערובת שכדאי לקחת בחשבון גם כן

-mdef
קובץ NEXUS להגדרת מודל (ראה מדריך)

החלפה דגם:
-m

DNA: HKY (ברירת מחדל), JC, F81, K2P, K3P, K81uf, TN/TrN, TNef,
TIM, TIMef, TVM, TVMef, SYM, GTR, או מפרט דגם בן 6 ספרות (לדוגמה, 010010 =
הוקאי)

חלבון: WAG (ברירת מחדל), פואסון, cpREV, mtREV, דייהוף, mtMAM,
JTT, LG, mtART, mtZOA, VT, rtREV, DCMut, PMB, HIVb, HIVw, JTTDCMut, FLU, Blosum62

תערובת חלבונים: C10,...,C60, EX2, EX3, EHO, UL2, UL3, EX_EHO, LG4M, LG4X,
JTTCF4G

בינארי: JC2 (ברירת מחדל), GTR2

קודון אמפירי: KOSI07, SCHN05

קודון מכניסטי: GY (ברירת מחדל), MG, MGK, GY0K, GY1KTS, GY1KTV, GY2K,
MG1KTS, MG1KTV, MG2K

קודון חצי-אמפירי: XX_YY כאשר XX הוא אמפירי ו-YY הוא מודל מכניסטי

מורפולוגיה/SNP: MK (ברירת מחדל), מסודר

אחרת: שם הקובץ המכיל פרמטרים של מודל המשתמש
(פרמטרי קצב ותדרי מצב)

-m +F או +FO או +FU או +FQ (ברירת מחדל: אוטומטי)
נספר, ממוטב, מוגדר על ידי המשתמש, תדר מצב שווה

-m +F1x4 או +F3x4
תדרי קודונים

-m +עלייה
תיקון הטיה של אבחון עבור נתונים מורפולוגיים/SNP

-m "מיקס{m1,...mK}"
מודל תערובת עם רכיבי K

-m "FMIX{f1,...fK}"
מודל תערובת תדרים עם רכיבי K

-mwopt הפעלת אופטימיזציה של משקלי תערובת (ברירת מחדל: ללא)

ציון הטרוגניות:
-m +I או +G[n] או +I+G[n] או +R[n]
מודל Invar, Gamma, Invar+Gamma, או FreeRate כאשר 'n' הוא מספר הקטגוריות
(ברירת מחדל: n=4)

-a
פרמטר צורת גמא עבור שיעורי אתר (ברירת מחדל: אומדן)

חציון
חישוב ממוצע עבור קטגוריית קצב גמא (ברירת מחדל: ממוצע)

--test-alpha
אומדן יסודי יותר עבור פרמטרים של מודל +I+G

-i
שיעור האתרים הקבועים (ברירת מחדל: אומדן)

-מ"ה חישוב קצב תנועה ספציפי לאתר לקובץ .mhrate באמצעות Meyer & von Haeseler (2003)
שיטה

מבחן OF דגם הוֹמוֹגֵנִיוּת:
-m מבחן לבן
הנחת הומוגניות של מודל בדיקה (GTR+G) באמצעות Weiss & von Haeseler (2003)
שיטה

-ns <#סימולציות>
#סימולציות להשגת התפלגות אפס (ברירת מחדל: 1000)

קוֹנסֶנזוּס שִׁחזוּר:
-t
קבוצת עצי קלט לשחזור קונצנזוס

-מינסאפ
תמיכה מינימלית בטווח [0,1]; 0.5 עבור קונצנזוס על פי רוב (ברירת מחדל: 0, כלומר
קונצנזוס מורחב)

-דוּ
השלכה עצים בתחילתו של

-con חישוב עץ קונצנזוס לקובץ .contree

-net חישוב רשת קונצנזוס לקובץ .nex

-סופ
הקצאת ערכי תמיכה עבור ל-.suptree

-תג סופ
שם צומת (או ALL) להקצאת מזהי עץ היכן שמתרחש צומת

רובינסון-פולדס מֶרְחָק:
-rf_all
חישוב מרחקי RF של כל העצים ב

-rf
חישוב כל מרחקי ה-RF בין שתי קבוצות של עצים המאוחסנים ב ו


-rf_adj
חישוב מרחקי RF של עצים סמוכים ב

עץ טופולוגיה TEST:
-z
הערכת קבוצת עצי משתמש

-זב <#משכפל>
ביצוע בדיקות BP,KH,SH,ELW לעצים שעברו דרך -z

-zw ביצוע גם בדיקות KH משוקללות ו-SH משוקללות

ייצור אַקרַאִי עצים:
-r
צור עץ אקראי תחת מודל יול-הרדינג.

-he
צור עץ אקראי תחת מודל אחיד.

-rcat
צרו עץ זחל אקראי.

-רבל
צור עץ מאוזן אקראי.

-rcsg
צור רשת פיצול מעגלית אקראית.

-rlen
אורכי ענפים מינימליים, ממוצעים ומקסימליים של עצים אקראיים.

שונות:
-wt כתיבת עצים אופטימליים מקומית לתוך קובץ .treels

-blfix תקן את אורכי הענפים של עץ המשתמש המועברים דרך -תה

-בלמין אורך ענף מינימלי לאופטימיזציה (ברירת מחדל 0.000001)

-blmax אורך ענף מקסימלי לאופטימיזציה (ברירת מחדל 100)

-wsl כתיבת סבירות יומן אתר לקובץ .sitelh

-wslr כתוב סבירות רישום אתר לפי קטגוריית תעריף

-wslm כתוב הסתברויות לוגריתמיות של האתר לפי מחלקת תערובת

-wslmr כתוב הסתברויות לוגריתמיות באתר לפי מחלקת תערובת+קצב

-fconst f1,...,fN
הוסף תבניות קבועות ליישור (N=#nstates)

השתמש ב-iqtree באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net