זוהי הפקודה kalign שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
kalign - מבצע יישור מרובה של רצפים ביולוגיים.
תַקצִיר
kalign [infile.fasta] [outfile.fasta] [אפשרויות]
kalign [-אני infile.fasta] [-O outfile.fasta] [אפשרויות]
kalign [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [אפשרויות]
תיאור
קליין הוא כלי שורת פקודה לביצוע יישור מרובה של רצפים ביולוגיים. זה
משתמש באלגוריתם התאמת מחרוזות Muth?Manber, כדי לשפר את הדיוק והמהירות
של היישור. היא משתמשת בגישת יישור עולמית ומתקדמת, מועשרת על ידי שימוש ב-
אלגוריתם משוער של התאמת מחרוזות לחישוב מרחקי רצף ועל ידי שילוב
התאמות מקומיות לתוך יישור גלובלי אחרת.
אפשרויות
-s -gpo -gapoopen -פער_פתוח x
עונש פתיחת פער.
-e -gpe -gap_ext -הרחבת פערים x
עונש הרחבת פער.
-t -tgpe -טרמינל_פער_extension_penalty x
עונשים על פער טרמינלי.
-m -מַעֲנָק -בונוס_מטריקס x
קבוע נוסף למטריצת ההחלפה.
-c -סוג <קלט, עֵץ, פערים.>
הסדר שבו מופיעים הרצפים ביישור הפלט.
-g פונקציה
בוחר מצב תכונה ומציין באילו תכונות יש להשתמש: למשל all, maxplp,
STRUCT, PFAM-A?
-ציון_אותו_תכונה
ציון עבור יישור אותן תכונות.
-דiff_feature_score
עונש על יישור תכונות שונות.
-d -מֶרְחָק <וו, זוג>
שיטת מרחק
-b -עֵץ -עץ-מדריך <nj, upgma>
שיטת עץ מדריך.
-z -זקוטוף
פרמטר בשימוש בחישוב מרחק מבוסס wu-manber.
-i - -קֶלֶט
שם קובץ הקלט.
-o אאוט -תְפוּקָה
שם קובץ הפלט.
-a -gap_inc
מגדיל את עונשי הפער בהתאם למספר הפערים הקיימים.
-f -פוּרמָט <פאסטה, msf, אלן, clu, מקסים>
פורמט הפלט.
-q -שֶׁקֶט
לא הדפס שום דבר ל-STDERR. לא קרא כלום מ-STDIN.
ביבליוגרפיה
· Timo Lassmann and Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - מכפלה מדויקת ומהירה
אלגוריתם יישור רצף. BMC Bioinformatics 6:298
· Timo Lassmann, Oliver Frings ואריק LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
יישור מרובה בעל ביצועים גבוהים של רצפי חלבון ונוקלאוטידים המאפשר
תכונות חיצוניות. מחקר חומצות גרעין 3:858?865.
מחברים
קורנית לאסמן <timolassmann@gmail.com>
מחבר במעלה הזרם של Kalign.
צ'ארלס פלסי <plessy@debian.org>
כתב את ה-manpage.
זכויות יוצרים
זכויות יוצרים © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Kalign היא תוכנה חופשית. אתה יכול להפיץ אותו מחדש ו/או לשנות אותו תחת התנאים של
רישיון הציבור הכללי של GNU כפי שפורסם על ידי קרן התוכנה החופשית.
דף מדריך זה נכתב על ידי צ'ארלס פלסיplessy@debian.org> עבור ה-Debian(TM)
מערכת (אך עשויה לשמש אחרים). ניתן הרשאה להעתיק, להפיץ ו/או
שנה מסמך זה באותם תנאים כמו kalign עצמו.
במערכות דביאן, הטקסט המלא של הרישיון הציבורי הכללי של GNU גרסה 2 יכול להיות
נמצא ב /usr/share/common-licenses/GPL-2.
השתמש ב-kalign באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net