libscane - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

libscan - חיפושים אבחונים למשפחות חלבונים.

תַקצִיר

libscan -מצב רשימה -לתפוס בוליאני -הניק בוליאני -הממ בוליאני -סאם בוליאני -pssm בוליאני
-סיג בוליאני -הממפת מחרוזת -hmextn מחרוזת -המoutpath מחרוזת -hmmoutextn מחרוזת
-סמפט מחרוזת -samextn מחרוזת -samoutpath מחרוזת -samoutextn מחרוזת
-pssmpath מחרוזת -pssmextn מחרוזת -ניטר מספר שלם -לָדוּשׁ לצוף -מקסימום מספר שלם
-pssoutpath מחרוזת -psmoutextn מחרוזת -gbvpath מחרוזת -gbvextn מחרוזת
-gbvgapo לצוף -gbvgape לצוף -gbvoutpath מחרוזת -gbvoutextn מחרוזת
-hnfpath מחרוזת -hnfextn מחרוזת -hnfgapo לצוף -hnfgape לצוף -hnfoutpath מחרוזת
-hnfoutextn מחרוזת -סיגפת מחרוזת -sigextn מחרוזת -nterm רשימה -תַת matrixf
-סיגאפו לצוף -סייגאפ לצוף -סיגoutpath מחרוזת -sigoutextn מחרוזת -db seqset
-סקופ בקובץ

libscan עזרה

תיאור

libscan היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "חלבון: מבנה תלת מימד".

אפשרויות

-מצב רשימה
libscan פועל באחד משני מצבים או (i) מצב חיפוש מסד נתונים או (ii) ספרייה
מצב מסך. במצב חיפוש מסד נתונים libscan קורא ספרייה אחת או יותר כל אחת
המכילים סוג יחיד של אלמנט מפלה, הסוגים המותרים דלילים
חתימת רצף, פרופיל גריבסקוב, פרופיל הניקוף או דגם מרקוב נסתר. ב
מצב מסך ספרייה, libscan קורא ערכת רצף, מסנן כל רצף מול ה-
ספריה (ספריות של אלמנטים מבחנים) וכותבת קובץ סריקת ספרייה (של
משפחות עם הניקוד הגבוה ביותר) עבור כל אחת. ערך ברירת מחדל: 2

-לתפוס בוליאני
ערך ברירת מחדל: N

-הניק בוליאני
ערך ברירת מחדל: N

-הממ בוליאני
ערך ברירת מחדל: N

-סאם בוליאני
ערך ברירת מחדל: N

-pssm בוליאני
ערך ברירת מחדל: Y

-סיג בוליאני
ערך ברירת מחדל: N

-הממפת מחרוזת
ערך ברירת מחדל: ./lib/

-hmextn מחרוזת
ערך ברירת מחדל: .hmm

-המoutpath מחרוזת
ערך ברירת מחדל: ./

-hmmoutextn מחרוזת
ערך ברירת מחדל: .hmmout

-סמפט מחרוזת
ערך ברירת מחדל: ./

-samextn מחרוזת
ערך ברירת מחדל: .mod

-samoutpath מחרוזת
ערך ברירת מחדל: ./

-samoutextn מחרוזת
ערך ברירת מחדל: .samout

-pssmpath מחרוזת
ערך ברירת מחדל: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn מחרוזת
ערך ברירת מחדל: .chk

-ניטר מספר שלם
ערך ברירת מחדל: 1

-לָדוּשׁ לצוף
ערך ברירת מחדל: 100

-מקסימום מספר שלם
ערך ברירת מחדל: 1000

-pssoutpath מחרוזת
ערך ברירת מחדל: ./

-psmoutextn מחרוזת
ערך ברירת מחדל: .pssmut

-gbvpath מחרוזת
ערך ברירת מחדל: ./

-gbvextn מחרוזת
ערך ברירת מחדל: .grib

-gbvgapo לצוף
ערך ברירת מחדל: 10.0

-gbvgape לצוף
ערך ברירת מחדל: 0.5

-gbvoutpath מחרוזת
ערך ברירת מחדל: ./

-gbvoutextn מחרוזת
ערך ברירת מחדל: .gribout

-hnfpath מחרוזת
ערך ברירת מחדל: ./

-hnfextn מחרוזת
ערך ברירת מחדל: .henik

-hnfgapo לצוף
ערך ברירת מחדל: 10.0

-hnfgape לצוף
ערך ברירת מחדל: 0.5

-hnfoutpath מחרוזת
ערך ברירת מחדל: ./

-hnfoutextn מחרוזת
ערך ברירת מחדל: .henikout

-סיגפת מחרוזת
ערך ברירת מחדל: ./

-sigextn מחרוזת
ערך ברירת מחדל: .sig

-nterm רשימה
ערך ברירת מחדל: 1

-תַת matrixf
ערך ברירת מחדל: EBLOSUM62

-סיגאפו לצוף
ערך ברירת מחדל: 10.0

-סייגאפ לצוף
ערך ברירת מחדל: 0.5

-סיגoutpath מחרוזת
ערך ברירת מחדל: ./

-sigoutextn מחרוזת
ערך ברירת מחדל: .sigout

-db seqset
במצב חיפוש מסד נתונים libscan סורקת כל אלמנט מבחין כנגד רצף
מַעֲרֶכֶת. במצב מסך ספרייה, libscan קורא ערכת רצף ומסך כל רצף
נגד הספרייה (ספריות של אלמנטים מבדלים) ערך ברירת מחדל: 49142.vdhf

-סקופ בקובץ
בכל מצב, 'קובץ סיווג scop' נדרש כמקור למשפחה
נתוני סיווג. קובץ סיווג scop מכיל סיווג ונתונים אחרים
עבור דומיינים ממסד הנתונים scop. הקובץ הוא בפורמט דמוי embl והוא נוצר
על ידי scopparse. ניתן להוסיף מידע על רצף תחום לקובץ באמצעות scopseqs.
ערך ברירת מחדל: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

השתמש ב-libscane באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net