זוהי אפליקציית לינוקס בשם Calis-p להפעלה מקוונת בלינוקס, שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד כקובץ calis-p-0.1.zip. ניתן להפעיל אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם Calis-p כדי להריץ אותה בלינוקס באופן מקוון עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
צילומי מסך:
Calis-p ירוץ בלינוקס אונליין
תיאור:
Calis-p (גישת CALgary לאיזוטופים בפרוטאומיקס) היא חבילת תוכנה לחילוץ ישיר של טביעות אצבע איזוטופיות של פחמן יציב (SIFs) של מינים בודדים בקהילה מיקרוביאלית מתוך מערך נתונים מטא-פרוטאומי. היא מקבלת את טבלאות ההתאמה של ספקטרום פפטידים (PSM) שנצברו עבור דגימות וחומר הכיול, ואת נתוני ה-MS הגולמיים בפורמט mzML כקלט. בשלב הראשון, התוכנה מוצאת את שיאי האיזוטופים עבור כל PSM ומסכמת את עוצמותיהם על פני חלון זמן שמירה מוגדר. דפוסי האיזוטופים שזוהו (זוגות של ערך m/z + עוצמות מסוכמות) יחד עם נוסחת הסכום של הפפטידים שזוהו מדווחים ומשמשים כקלט לשלב השני של Calis-p לחישוב ערכי delta13C עבור כל הפפטידים שעוברים קבוצת מסננים, כמו גם ערכי delta13C ממוצעים ושגיאות תקן עבור כל מין. יש לתקן את ערכי delta13C של המינים עבור פירוק איזוטופים של המכשיר על ידי יישום ההיסט שנקבע באמצעות חומר הייחוס.תכונות
- נתוני SIF מופקים ישירות ממערך נתונים מטא-פרוטאומי סטנדרטי
- קבלת ערכי SIF ביעילות ובאמינות עבור מספר רב של מינים בדגימת קהילה מיקרוביאלית באופן תפוקה גבוהה.
זוהי אפליקציה שניתן להוריד גם מ-https://sourceforge.net/projects/calis-p/. היא אוחסנה ב-OnWorks על מנת שניתן יהיה להפעיל אותה באופן מקוון בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.