זוהי אפליקציית לינוקס בשם EigenMS להפעלה ב-Linux באינטרנט, שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם EigenMS.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם EigenMS כדי לרוץ בלינוקס באופן מקוון עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
EigenMS לרוץ בלינוקס מקוון
תיאור:
EigenMS היא שיטת נורמליזציה המיושמת ב-R (ובגרסה ישנה יותר ב-Matlab) זמינה כקבוצה של שתי פונקציות שיש להשתמש בהן ברצף.אנא הורד את קובץ EigenMS.zip (הגרסה האחרונה).
הגרסה האחרונה שהועלתה באוקטובר 2017 כוללת תיקון באגים לנורמליזציה של קבוצת טיפול יחידה.
שינוי קנה המידה הושמט משנת 2015.
EigenMS משתמש ב- SVD כדי לזהות מגמות הטיה בנתונים ומבטל אותן. EigenMS מבטל השפעות מגורמים ידועים ולא ידועים וניתן להשתמש בו עבור כל פלטפורמה -omic.
הראינו את השימושיות שלו ב-LC-MS/MS ובמטבולומיקה בשני המאמרים הבאים:
1) PMID: 19602524. "נורמליזציה של עוצמות שיא בפרוטאומיקה מבוססת טרשת נפוצה מלמטה למעלה באמצעות פירוק ערך יחיד".
Karpievitch YV, Taverner T, Adkins JN, Callister SJ, Anderson GA, Smith RD, Dabney AR.
ביואינפורמטיקה 2009
2) "נורמליזציה של נתונים מטבולומיים עם EigenMS"
Karpievitch YV, Nikolic SB, Wilson R, Sharman JE, Edwards LM.
PLoS One 2014
קהל
מדע/מחקר
שפת תכנות
MATLAB, S/R
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/eigenms/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.