זוהי אפליקציית לינוקס בשם KMC-KaiC שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור KMC_KaiC_Original.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם KMC-KaiC עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
צילומי מסך:
KMC-KaiC
תיאור:
קוד זה הוא אלגוריתם קינטי מונטה קרלו (KMC) ייעודי המדמה מודל של השעון הצירקדי של קאי לאחר תרגום.
הקוד מאפשר לך לדמות את מערכת Kai ברמה של הקסאמרים ומונומרים KaiC בודדים ועוקב באופן מפורש אחר התחלופה של כל נוקלאוטיד ATP. מלבד הידרוליזה של ATP, כל התגובות מצייתות לאיזון מפורט.
היישום של הקוד מתואר במאמר שלנו שכותרתו "מודל עקבי תרמודינמי של השעון הצירקדי של קאי לאחר תרגום", אשר זמין בחינם בכתב העת עם גישה פתוחה PLOS Computational Biology:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*עדכון* יצרנו גרסה הפיכה לחלוטין של המודל שלנו, כולל התגובות ההפוכות להידרוליזה של ATP. זה מאפשר להפעיל את המודל בשיווי משקל תרמודינמי. גרסה זו של הדגם ניתנת להורדה תחת KMC_KaiC_Rev.zip.
אם אתה רוצה להשתמש במודל שלנו למחקר משלך, נא לצטט את המאמר שלנו בביולוגיה חישובית PLoS.
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
שורת הפקודה
שפת תכנות
C + +
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.