זוהי אפליקציית לינוקס בשם MIPGen שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם mipgen_v15.tar.gz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם MIPGen עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
צילומי מסך:
MIPGen
תיאור:
מחולל פוטנציאל אינטראקציה מולקולרית
MIPGEN היא תוכנית פיתון שתחשב רשתות פוטנציאל אינטראקציה מולקולרית
על מולקולה נתונה, שיכולה להיות חלבון או תרכובת אורגנית קטנה (תרופה).
הפלט יהיה סדרה של רשתות בפורמט DX (*.dx) שהמשתמש יוכל
להמחיש באמצעות כל תוכנת הדמיה מולקולרית כמו VMD, PyMol, Chimera...
למידע נוסף על תלות ושימוש, אנא קרא את התיעוד.
משתמשים מוזמנים לפרסם כל באג או בקשה בתפריט באגים ובקשות. (יידרש חשבון sourceforge).
תכונות
- יצירת MIP אוטומטית לחלוטין בהינתן קובץ PDB פשוט.
- קוד קוד פתוח. משתמשים מוזמנים לתרום להרחבת הבדיקות או שיפור הקוד.
- חשב פוטנציאל אינטראקציה מולקולרית מבוסס רשת על פני פפטידים ומערכות מקרומולקולריות אחרות (כנראה עדיין איטי עבור מערכות גדולות)
- חשב MIP על מולקולות קטנות
- בדיקות הניתנות להתאמה אישית. כבר מיושם: בדיקות הידרופוביות, תורם H-Bond, מקבל H-Bond ובדיקות אלקטרוסטטיות.
- הקצאה אוטומטית של סוגי אטומים למולקולות קטנות וחלבונים על ידי התממשקות עם Antechamber ו-tLeap במקור פתוח מחבילת AmbertTools (http://ambermd.org)
קהל
מדע/מחקר, משתמשי קצה מתקדמים, מפתחים, משתמשי קצה/שולחן עבודה
ממשק משתמש
קונסולה/טרמינל
שפת תכנות
פיתון
סביבת מסד נתונים
SQLite
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/mipgen/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.