זוהי אפליקציית לינוקס בשם rRNAFinder שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור rRNAFinder-v1.1.1.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם rRNAFinder עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
rRNAFinder
תיאור:
rRNAFinder היא חבילת תוכנה קטנה של perl, שניתן להשתמש בה כדי לחזות ולסווג אוטומטית את גני ה-RNA של הריבוזום תוך שימוש בקונטיגים של הגנום/מטגנום המורכב כקלט. התוכנה נבדקה רק על מערכת ההפעלה לינוקס.
תוכנית "rRNAFinder.pl" הכלולה בחבילה משתמשת בחיפוש תוכנית nhmmer כנגד מסדי הנתונים arc.hmm, bac.hmm ו-euk.hmm כדי לזהות גנים של rRNA מקבוצות הקלט. הגנים הבסיסיים של rRNA כוללים גנים rRNA 16S, 18S, 23S, 28S, 5S ו-5.8S.
התוכנית "rna2taxon.pl" מקבלת את רצפי הגנים של rRNA בפורמט fasta שנוצרו לעיל כקלט כדי לייצר את ההקצאות הטקסונומיות עבור גני הקלט. רצפי הגנים של ה-rRNA הקלט נבדקים מול מסדי הנתונים של SILVA SSU ו-LSU שהורדו ועוצבו מחדש באמצעות blastn.
אנא עיין בקובץ README.md ממאגר rRNAFinder GitHub שנמצא בכתובת https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder לקבלת הוראות על הגדרה והרצה של rRNAFinder
תכונות
- חיזוי גנים של rRNA (גנים של rRNA 5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s)
- הקצאה טקסונומית של הגנים החזויים של rRNA באמצעות חיפוש blastn כנגד מסדי נתונים של SILVA SSU ו-LSU
- מהיר ויכול להשתמש במספר שרשורי מעבד
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
שורת הפקודה
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.