זוהי אפליקציית לינוקס בשם SOAPdenovo2 שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור SOAPdenovo2-src-r240.tgz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם SOAPdenovo2 עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
SOAPdenovo2
תיאור:
מה הלאה של SOAPdenovo2:
MEGAHIT היא היורשת הרשמית של SOAPdenovo2
MEGAHIT: פתרון צמת יחיד מהיר במיוחד להרכבת מטאנומיה גדולה ומורכבת באמצעות גרף דה Bruijn תמציתי
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25609793
https://github.com/voutcn/megahit
הקוד האחרון ב-GitHub:
https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2
SOAPdenovo היא שיטת הרכבה חדשה לקריאה קצרה שיכולה לבנות מכלול טיוטה דה נובו עבור גנומים בגודל אנושי. התוכנית תוכננה במיוחד להרכבת קריאות קצרות של Illumina. זה יוצר הזדמנויות חדשות לבניית רצפי התייחסות וביצוע ניתוחים מדויקים של גנומים שלא נחקרו בצורה חסכונית. SOAPdenovo2 הוא היורש של SOAPdenovo. ציין את המאמר שפורסם ב-GigaScience (ראה אתר למטה) אם אתה רוצה לצטט את SOAPdenovo2.
קהל
מדע/מחקר, מפתחים
ממשק משתמש
שורת הפקודה
שפת תכנות
C++, C
סביבת מסד נתונים
קובץ שטוח
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.